图2 S蛋白受体激酶保守结构域
Figure 2 Conserved domain of S receptor protein kinase
2.2 S受体蛋白激酶理化性质分析
对该蛋白质进行基本理化性质分析,表明该蛋白分子式C4294H6674N1172O1282S43,分子量为96607.8,理论等电点(PI)为6.69。含有20种基本氨基酸,其中含量最高的是Leu(10.8%),含量最低的是His(1.5%);其中带负电荷的氨基酸残基(Asp、Glu)92个,带正电荷的氨基酸残基(Arg、Lys)90个。其水溶液在280nm处的消光系数(Extinction coefficients)为160420。该蛋白的不稳定系数(Instability index)为41.41,为不稳定蛋白,脂肪系数(Aliphatic index)是83.65,平均亲水系数(Grand average of hydropathicity)为-0.314。其氨基酸组成如表1。
表1 S受体激酶氨基酸组成
Table 1 Amino acid composition of S receptor protein kinase
氨基酸 比例 氨基酸 比例 氨基酸 比例 氨基酸 比例
Ala (A) 4.3% Gln (Q) 2.5% Leu (L) 10.8% Ser (S) 9.6%
Arg (R) 5.9% Glu (E) 5.4% Lys (K) 4.7% Thr (T) 5.4%
Asn (N) 7.3% Gly (G) 6.6% Met (M) 2.6% Trp (W) 2.3%
Asp (D) 5.4% His (H) 1.5% Phe (F) 4.0% Tyr (Y) 3.9%
Cys (C) 2.5% Ile (I) 5.6% Pro (P) 4.6% Val (V) 5.0%
2.3 S受体蛋白激酶磷酸化预测
蛋白磷酸化是一种最普遍的翻译后修饰,几乎调节着生命活动的整个过程,因此蛋白质的磷酸化分析对了解蛋白质可能的功能具有重要意义。利用NetPhos 2.0 Server 预测萝卜中S受体蛋白激酶磷酸化作用位点(图3),结果表明该蛋白具有40个丝氨酸磷酸化作用位点(Ser:40)、7个苏氨酸磷酸化作用位点(Thr:7)和12个酪氨酸磷酸化作用位点(Tyr:12),以丝氨酸磷酸化为主,具有众多不同的磷酸化作用位点。
图3 SRP激酶磷酸化位点预测
Figure 3 Transmembrane structure prediction of S receptor protein kinase
2.4 S受体蛋白激酶亚细胞定位、跨膜区和信号肽分析
利用TMHMM软件对该蛋白序列进行跨膜预测,结果(如图4)表明,该蛋白存在2个可能的跨膜区。第一个跨膜区位于7-29位氨基酸,方向由内向外,第二个跨膜区位于446-465位氨基酸,方向由外向内,两段跨膜螺旋序列长度均超过了18,表明该蛋白最大可能为2次跨膜蛋白;另外在前60个氨基酸的跨膜螺旋中的氨基酸预期数量为21.88358,表明N端这段跨膜序列也可能是一个明显的信号肽序列,于是,我们利用SignalP 4.1 Server软件对其氨基酸前导肽进行信号肽预测,结果(图5A)表明,该蛋白N端序列不存在任何信号肽存在;然而我们进一步利用iPSORT Prediction软件对其N段进行信号侦测时,结果(图5B)表明,高蛋白N段(6-25位)存在一个信号肽;利用TargetP 1.1 软件亚细胞定位分析表明,该蛋白定位于叶绿体运输蛋白、线粒体靶标蛋白和分泌途径蛋白的概率分别为0.001、0.169、0.930,因此,推断该蛋白最可能为分泌蛋白。
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