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图1 油菜NADH脱氢酶亚基9的保守结构域
Figure1 Conserved domain of NADH dehydrogenase subunit 9 protein in Brassica napus L.
图2 油菜与其他植物NADH脱氢酶亚基9蛋白的多重序列比对
Figure2 Multiple alignment of NADH dehydrogenase subunit 9 protein of Brassica napus and other plant
图3 几种植物NADH脱氢酶亚基9蛋白序列的进化树
Figure3 The homology tree of NADH dehydrogenase subunit 9 protein
2.2 基本理化性质分析
对该蛋白质进行基本理化性质分析，表明该蛋白分子式为C1041H1561N279O294S6，分子量为3181，理论等电点（PI）为6.44。含有20种基本氨基酸，其中含量最高的是Arg（9.5%），含量最低的是Cys（1.1%）；其中带负电荷的氨基酸残基（Asp、Glu）28个，带正电荷的氨基酸残基（Arg、Lys）27个。其水溶液在280nm处的消光系数（Extinction coefficients）为48025。该蛋白的不稳定系数（Instability index）为37.26（小于40），表明此蛋白性质稳定，脂肪系数（Aliphatic index）是71.16，总平均疏水指数（Grand average of hydropathicity）为-0.581，显示该蛋白亲水性好，为亲水性蛋白。其氨基酸组成如表1。
表1油菜NADH脱氢酶亚基9蛋白氨基酸组成
Table1 The physicochemical property analysis of NADH dehydrogenase subunit 9 protein
in Brassica napus L.
氨基酸 比例 氨基酸 比例 氨基酸 比例 氨基酸 比例
Ala (A) 1.6% Gln (Q) 3.2% Leu (L) 7.4% Ser (S) 7.9%
Arg (R) 9.5% Glu (E) 7.4% Lys (K) 4.7% Thr (T) 5.3%
Asn (N) 3.2% Gly (G) 4.2% Met (M) 2.1% Trp (W) 3.2%
Asp (D) 7.4% His (H) 2.1% Phe (F) 7.4% Tyr (Y) 5.3%
Cys (C) 1.1% Ile (I) 4.2% Pro (P) 4.7% Val (V) 8.4%
2.3 油菜NADH脱氢酶亚基9的疏水性
疏水性是氨基酸的一种重要性质，疏水性氨基酸倾向于远离周围水分子，将自己包埋进蛋白质的内部，这一趋势加上空间立体条件和其他一些因素最终决定了一个蛋白质折叠形成的三文空间构象。瑞士生物信息学研究所的Protscale是一款预测分析疏水性/亲水性的分析软件[6]。利用Protparam工具分析其理化性质得出其疏水性平均系数为-0.581，参照ExPASy的Protscale程序Hphob./Kyte & Doolittle算法计算的油菜NADH脱氢酶亚基9的疏水性/亲水性图谱(如图4)。这一结果一方面为二级结构预测结果提供参考，另一方面还可为结构域及功能域的划分提供依据。正值越大表示越疏水，负值越大表示越亲水，介于+0.5到-0.5之间的主要为两性氨基酸。分析氨基酸残基的得分可知，多肽链的第41位的氨基酸残基具有最高的分值2.056，疏水性最强；第159和160位的氨基酸残基具有最低的分值-2.456，亲水性最强。整条多肽链表现为亲水性，因此可推断油菜NADH脱氢酶亚基9是一种可溶性蛋白。