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(3) 线性，不重叠
3个碱基组成一个密码，密码子之间是否重叠？例如，对于序列AAGGUCUUC，不重叠的3个密码子是AAG、GUC、UUC，如果重叠一个碱基，则形成4个密码子：AAG、GGU、UCU和UUC。到目前为止，还没有发现重叠的密码子。
(4) 特殊密码子
在64个密码子中，有3个不编码(UAG、UAA和UGA)，这3个密码子的功能并非指导核糖体插入一个氨基酸，而是引起翻译的终止，所以叫做终止密码子(stop codon)。此外，还有一个(AUG)既是甲硫氨酸的密码子，又是多肽合成的起始密码子(start codon)。