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（3）根际-微生物的联合代谢作用：植物是一个有效的土壤污染处理系统，它同其根际微生物共同利用其生理代谢特性担负着分解、富集和稳定污染物的作用。根际是植物根系直接影响的土壤范围，是指在植物根系分泌的有机物作用下，与其 pH、EH、微生物等组成的一个特殊的微生物环境，根系分泌物与根际微生物间存在着复杂的相互关系。 Moser 等人在1983年研究认为，植物每年释放到土壤中的物质可达植物总光合作用产物的 10%~20%，它们与脱落的根冠细胞等一起为根际微生物提供重要的营养物质，促进了根际微生物的生长与繁殖。由于根系生长的穿插作用，使根际的通气状况、水分含量和温度均比根际外的土壤更利于微生物的生长；另一方面，植物将大气中的氧气经叶、茎输送到根系中，扩散到根际周围缺氧的土壤中，形成了富氧的微环境，刺激好氧微生物的活性和生长繁殖（。研究表明，植物根际土壤微生物明显比非根际土壤中的微生物活性、数量和种类多，一般提高约 10 倍，有的高达 100 倍，其中假单孢菌属（ Pseudomonas sp. ）、黄杆菌属（Flavobacterium sp.）、产碱菌属（Alcaligenes sp.）和土壤杆菌属（Agrobacterium sp.）的根际效应非常明显。研究发现，植物根际是一个能降解土壤中污染物的生物活跃区，根际可以加速许多农药以及三氯乙烯的降解。研究者还针对植物宿主的正确选择、必要的植根方式和有关的微生物群落进行了综合研究，发现植物根际-微生物系统的相互促进作用将是提高污染土壤植物修复能力的一个活跃领域。植物根系分泌物在增强根际微生物活性的同时，微生物的活动也促进了根系分泌物的释放，两者相互作用共同加速了根际有机污染物的降解，植物根际微生物的降解作用被认为是植物修复土壤有机污染物的主要途径[12]
3.2微生物修复技术
微生物是土壤生态系统的重要生命体，它不仅可以指示污染土壤的生态系统稳定性，而且还有巨大的潜在的环境污染修复功能。微生物能以有机污染物为唯一碳源和能源或与其他有机物进行共代谢而将其降解。在此基础上，便出现了污染土壤的微生物修复理论及技术。微生物修复是指利用天然存在的或所培养的功能微生物（主要有土著微生物、外来微生物和基因工程菌），在人为优化的适宜条件下，促进微生物代谢功能，从而达到降低有毒污染物活性或将其降解成无毒物质而达到修复受污染环境的技术。通常一种微生物能降解多种有机污染物，如假单胞杆菌可降解 DDT、艾氏剂、毒杀酚和敌敌畏等。此外，微生物可通过改变土壤的理化性质而降低有机污染物的有效性，从而间接起到修复污染土壤的目的。
在我国，已构建了有机污染物高效降解菌筛选技术、微生物修复剂制备技术和有机污染物残留微生物降解田间应用技术。[13][14]如：刘宪华等人用假单胞菌 AEBL3 降解土壤呋喃丹[15]，结果表明，未加菌土壤呋喃丹在 0~7 cm 土层中质量分数已达 90 mg•kg-1，加菌土壤呋喃丹质量分数为 4.8 mg•kg-1，后者降解率达 96.4%。如今，微生物修复有机污染物研究已进入基因水平可以利用基因重组、构建基因工程菌来提高微生物降解有机污染物的能力。如：蒋建东[16]等通过同源重组法构建多功能农药降解基因工程菌，在相同条件下，工程菌cd-mps和 CDS-2mpd 在 1~24h 内便可迅速降解甲基对硫磷（MP），呋喃丹也可在 30 h 内完全降解。
3.2.1微生物降解土壤有机污染物的主要反应
（1）氧化作用： ① 醇氧化，如醋化醋杆菌（Acetobacter aceti）将乙醇氧化为乙酸，氧化节杆菌（Arthrobacter oxydans）可将丙二醇氧化为乳酸；② 醛 氧 化 ， 如 铜 绿 假 单 胞 菌 （ Pseudomonasaeruginosa）将乙醛氧化为乙酸；③甲基氧化，如铜绿假单胞菌将甲苯氧化为安息香酸；④氧化去烷基化：如微生物对有机磷杀虫剂的氧化；⑤硫醚氧