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在研究美国社会历史进程的过程中，伍德罗·威尔逊对于其中的重大历史课题进行了具体深刻的论述，并提出自己的独到的观点。譬如独立战争，这历来是美国史学研究的首要问题。伍德罗·威尔逊关于这一课题有几篇比较重要的著述。
1886年出版的《内战的原因》中，伍德罗·威尔逊放弃了之前学者的研究思路，而是另辟蹊径将这场战争的根本原因从政治方面转移到经济方面。他觉得从殖民地时期开始，美国的南北双方就有很大的差异，包括经济和社会各个方面。从南北不同的经济形态和社会观念风俗等各个方面出发，伍德罗·威尔逊认为“国家主权原则实际上不是战争的根本原因。真正的是南北社会经济利益不可调和的差异——这种差异在很大程度上是由奴隶制造成的。”[1]P356最终将美国内战的根本原因归结为经济上不可调和的矛盾，并从各个方面予以论证。他的研究打破了当时美国史学界定向的从欧洲、种族等方面研究内战的传统，为探析内战增添了新的研究方向，《内战的原因》也成为美国史学界中最早从经济的角度研究美国内战的史学作品。
1893年，伍德罗·威尔逊出版的《分裂和重新统一，1829—1889》是他研究美国内战历史的另一部重要作品。伍德罗·威尔逊作为一名生长于南方的美国人，在南北战争期间，威尔逊一家支持的是南方军队，然而他却评价这场战争中重要人物的阿伯拉罕·林肯是“至高无上的美国人。”[2]P19
美国的南北战争给美国国内带来了一场重大灾难，给当时美国社会和人民造成严重的创伤。当时的美国人在对待这场战争的态度上大都坚定自己的立场和看法，历史学界也形成了“南派”和“北派”的分歧。在《分裂和重新统一，1829—1889》一书中，伍德罗·威尔逊认为：“南方在法律上和宪法上是正确的，但从历史发展上讲是错的；而北方在法律和宪法上是错的，但从历史发展上讲是对的”[3]P124这场战争之所以会爆发，是因为南方坚持保留的落后封闭的种植园经济和北方主张自由的资本主义经济之间不可调和的矛盾，而不是当时美国史学界乃至美国社会所认为的南北的政治矛盾。在南北战争中，南方各州之所以要联合起来与北方对抗，主要是希望通过战争取得美国法律上规定的州的权力以保护当地的奴隶制度，发展当地的种植园经济，根本因素在于经济。南方各州的这种想法与当时世界和美国的民主自由潮流极其不符。所以，这场战争中南方各州的结局必然是失败。源'自:751`~论`文'网www.751com.cn
正是由于伍德罗·威尔逊对南北战争较为公正、客观的总结研究，他看到在南北战争之后，整个美国社会已经出现了很大的改变。战后，美国社会上出现新的动力推动美国的政治、经济向前迈进。正如历史所见证的那样，南北战争之后，美国开始真正确立了联邦体制，保证中央政府和各州的权力得到平衡，形成了一个稳定有序的社会环境；南北的交流日益增多，全国统一市场逐渐形成，促进了美国经济的进一步发展；美国人民也日渐加强了国家意识和民族的认同感和归属感，民众的公民意识被唤醒。所以，伍德罗·威尔逊在书中总结到：美利坚民族是“在南北战争结束后，在各州和联邦政府的关系最终得以确定后才真正诞生的”[3]P105
《分裂和重新统一，1829—1889》是伍德罗·威尔逊的第一部研究南北战争的专著，也是他的第一部重要历史著作。该书反映了他对国家统一、民族团结强烈的追求，想方设法来弥补这次内战带来的伤痕，他的这种思想追求在当时得到了大多数人的认同，这也提高了这本书的关注度。除此以外，在这本书中威尔逊关注了美国中西部的发展历程，展现了他在关注全国史的同时，也很关注地方史的重要性，他曾指出：“地方史之次于国家史有如部分之小于整体;没有部分,整体就不会存在;除非部分得到理解,否则我们无法理解整体。地方史之次于国家史就好比书的每一页次于整册书;你在每一页中不会发现中心主题,但每一页又含有主题的一部分。”[4]P41他认为正是由于西进运动，美国进入一个新的历史时期：“东海岸的沿海各州在决定政治进程中不再总是占有优势地位，一个新国家已经诞生并在西部培育起自我依靠的力量，开始了有特性的进程。”[5]P21从《分裂和重新统一，1829—1889》中展现出的史学才能为威尔逊之后在史学界中的发展打下了夯实的基础。之后，伍德罗·威尔逊的《州的权利1850一1860》使得他的史学才能受到国际承认。所以在1899年，伍德罗·威尔逊受邀撰写了剑桥近代史美国部分。这篇文章和1900年关于战后重建的《南部诸州重建》使伍德罗·威尔逊成了美国史学界中的一流史学家，奠定了伍德罗·威尔逊在美国史学界中的地位。