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《吴鞠通医案》共有五卷的内容。第一卷和第二卷为温病，第三卷为杂病，第四卷是杂病与幼科，第五卷是伤寒与杂病。这本书的治病方案大多“见纠其偏而弋获者，用药不避温煤”[13]P5。它的一大特点是治疗重大疾病的时候投放的剂剂量偏重。在治疗杂病方面，吴鞠通“重视络病，善于用旋覆花汤及化症回生丹，又从其意而略变化”[14]P5。在这本书里有很多关于持续医治比较完备的病案，记录十分详细，对读者弄清楚病理的变化发展和对其治疗方法十分有利，对研究吴鞠通的医学思想具有十分重要的意义。
在这部可以被当做是教科书的医案中，既有“瑭治之大抵已成坏病，幸存活数十人”的病例，也有回淮省墓期间，时刻关心病人的嘱托。从中既可以学到医术，也可以学会应该如何做人。