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伴随在水上漂浮着各种藻类，使得水面上漂浮着绿色垃圾，这些浮渣让水变得越来越脏，愈发浑浊，能见度和清澈程度大大降低。
3) 水中的溶解氧的被消耗
由于水富营养化，水中的微生物不停的消耗水中的氧气，但与此同时水表面的水藻遮挡住了阳光，阻碍光透射到水的底层，底层的水无法顺利地进行光合作用。然后死亡的水藻又不断地沉入水底被腐蚀分解，水中大部分的溶解氧又被消耗了。
4) 有毒物的释放
绝大多数的藻类会释放一些具有毒性的分泌物，这不仅危害到了水中的动物，也会威胁我们人类社会的生活。
5) 破坏水生态平衡
水中的藻类一旦大量地出现，水本身的平衡状态要被破坏了。这意着一部分的生物种群量会因此大量减少，而另一部分种类的生物会大量繁殖增加，这样打破了水环境本来的种群平衡，减少了水生物的多样性，严重的甚至还会牵连到整个环境的生态平衡。
6) 地面水和地下水的污染
在水中的游离氨，只要达到1mg/L，绝大部分的鱼会死去。氮的污染物，比如氨氮，它会与氯发生作用，从而会降低氯的消毒效果。氨氮还可以在硝化细菌消耗水中溶解氧的作用下，转化成硝酸盐，而硝酸盐和亚硝酸盐在人类的身体中会转变成亚硝铵，这会导致各种病变，甚至致癌。
4水富营养化的产生原因
水中总磷和总氮的含量增加，不一定会发生富营养化，即使这两个因素是造成问题的必要条件。如果水中这两个浓度非常低，那更不可能会发生富营养化的情况。富营养化的这个情况的产生，是因为水环境总体失去了平衡的状态，使得某一种具有一定优势的藻类大量繁殖，同时伴随着出现其它的水生物一起打破了物种的平衡。影响富营养化的原因有这么几点：1、富含总磷和总氮等。2、光照充分和水中的溶解氧等影响条件。3、Fe、Si等元素含量适中。4、水的更新周期比较长，水的流速较为缓慢。满足以上条件，富营养化才会加剧演变和发展。
i. 农作的施肥
农民们为了农作物能取得更多的产量，常常采取使用氮、磷肥。这些化肥在下雨天和在灌溉的时候很容易随着地表流径流失到水体中，或是向下渗透变成壤中流。最近的研究表明，磷，可溶解或吸附在土壤颗粒上，土壤的多孔结构的渗透作用，将其带入江河、湖泊里面，然而氮的渗透力很强，可以渗透到地下水从而污染地下水[3]。磷和氮在这吸附和解吸的过程之中，有一部分会积累并在水中沉淀下来。沉积物在水底各种微生物等条件变化下，通过再悬浮、溶解的形式回到水中，结果造成水的二次污染。根据数据显示，太湖底泥每年释放总氮和总磷的量，大约占总负荷的25%-35%。
ii. 动物的粪便
家养的一些家禽等，特别是猪，会排泄大量具有营养的物质，非常容易会随地表流径带入湖水中。还有农民施肥过程中，用的是动物的粪便，这也极易最终流入江河水中，从而导致水体的污染。在草原上因为放牧留下来的动物粪便，通过降雨增大了粪便的侵蚀，使得地表径流加剧了污染。
iii. 污水的灌溉
农民一般采用污水来灌溉农田，因为这不仅节约了农民的成本，而且又可以作为一种肥料，让农作物和土壤通过它们自身的净化作用来吸收。可是因为某些污水里面的营养物质过剩，进而加剧了地表水的污染。根据调查，统计三十七个污染灌溉区，显示有三十二个灌溉区不符合标准。
iv. 地表径流
人们社会活动的垃圾和工业排放的垃圾所含有的磷、氮的营养物质，跟着地表径流流入地表水中。同时，人类在矿区的活动也破坏了土壤的表层，在下雨的时候，附着在土壤表面的含有磷酸等的物质，跟着地表径流流入湖水江河中。美国环保局将这个现象，归为污染河流湖泊的第三大污染源。