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(2)生物网络控制。20世纪的生命科学研究主流是建立在还原论基础上的分子生物学，它极大地促进了人类对单个分子功能的认识，然而绝大多数生物特征都来白于细胞的大量不同组分，如蛋自质、DNA、RNA和小分子之间的交互作用。对这些极其复杂的交互作用网络的结构和动力学的分析与调控是21世纪生命科学面临的挑战之一。
(3)经济与社会网络控制。经济控制论一直就强调用整体的、动态的、相互联系和协调发展的观点来研究经济系统。随着复杂网络理论的发展和人们对复杂经济网络结构的更好地了解，将有助于人们更好地认识经济网络结构与系统行为之间的关系，并进而研究更为有效的经济调控方法。此外，随着网络和计算技术的发展，大规模社会网络的分析与控制也将可能受到更多的关注。