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当然光谱编码成像技术更主要的作用是应用在医学检测，根据2010年Lior Golan等人将这项技术用来检测血液细胞成像[13]。首先需要提到的是流式细胞术，它是一种能够自动分析大量人体内悬浮在液体介质中的活细胞有力工具。在传统的流式细胞仪中，主要利用聚焦的激光束照射细胞，以此度量其散射和荧光，通过这些信息来提供多元统计分析的单元格的大小、 形状和功能特性。流式细胞术的血液样本是用于临床诊断中的各种疾病状态，但它需要提取和处理的血液。流式细胞术通常依赖于注射荧光标记或荧光标记的血液细胞。活体显微镜提供单细胞样本，并经常用于成像研究体内的血液细胞。然而由于高毒性常见的荧光标记物使得在临床应用方面使用外源荧光团可能会产生潜在的并发症。所以研究人员结合光谱编码成像，开创一种新方法——体内流式细胞术。
因为人体内组织散射的复杂性，对流动的血液组织表面下成像是有很大难度的，大多数的共焦散射显微镜需要机械波束的扫描，因此成像的探头就十分的笨重，虽然以往的光谱编码共聚焦显微成像不需要机械扫描，但是仍需要单轴式探针沿着横向扫描，而因为体内细胞的单向流动代替了探针本身的横向扫描，所以只需要瞬间捕捉整个编码轴图像，通过光谱编码照明和后向散射的光就可以获得完整的在高分辨率下，人体流动的血液细胞的大小、形状以及运动速度。在实验中，使用的中心波长为800nm，带宽60nm的掺钛蓝宝石振荡光谱仪，在另一端使用焦距为150mm的透镜和线对数1200lines/mm的透射光栅，聚焦物镜使用的是数值孔径0.75的20倍透镜来产生一条长约0.81mm的编码线。通过探针来收集流动的细胞产生的散射光，并且另一个光谱仪进行分析，这个光谱仪由一个焦距为50mm的透镜、一个线对数为1800lines/mm的透射光栅，一个焦距为150mm的消色差透镜，以及一台横向分辨系数达到2048个像素点的CCD构成。通过测量系统分辨率的分辨率靶得出这套装置能够实现的横向分辨率大约为1.5μm。在血管中利用光谱编码技术测量流动细胞可以打开新的临床应用领域，并且具有一定的潜在的价值，诊断实时危险的医疗条件。在体内流动的特定技术
在定量的研究上主要是Wanrong Gao的研究小组，从2010年到2014年他们的研究内容来看，包括定量表征与FDOCT在一阶Born近似下的组织点极化率的波动情况，以及由于人体内的组织对探测光的散射造成的光谱变化[14][15]，也是在一阶Born近似下，研究人体组织中空间两点的相关函数对散射光谱的影响，推导出不同散射角光谱的最大值，从而得到最佳结果。