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（2）自动配准技术问题，自动配准即指不需要人工干预，计算机能够很好的完成多源图像配准。但是目前大多匹配算法都是有人工参与的，没有真正实现意义上的自动匹配。
（3)快速图像配准技术问题，因为有实时的图像融合问题，这个就需要快速图像配准。如何提高配准处理速度，仍是需要研究的难题之一。
（4）高精度图像匹配问题，在实际应用中，受到噪声影响，特别是基于图像特征的处理方法上，提取特征，如特征点、边缘、区域，存在许多问题。所以实现高精度的图像配准还是有高难度的。
（5）大失配条件下的图像配准问题，如果参考图像和待配准图像之间存在较大比例的平移、旋转、缩放或者有大的非线性畸变，亦或有严重的几何校正残余误差，那么两幅图像配准难度非常大，甚至不难实现匹配。