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1.法规数量庞杂，立法位阶较低。我国系统阐述社会团体登记制度的专门法规仅有《社会团体登记管理条例》。除此之外，还有许多民政部门及其他部门的规定、办法甚至于关于某些问题的通知、关于某些问题的答复。而且，这些规定在实行中发挥的作用要大于《社会团体登记管理条例》。这些规定很多属于民政部门或其他部门的文件，他们的公布和生效带有很大的随意性，并没有制度化，容易导致行政机关的滥用。
2.非法社团过多，登记制度滞后。现今，国际上对社会团体的准入主要有两种方式：预防制和追惩制。预防制就是指社会团体必须办理注册登记手续，履行必要程序后方可合法成立。另一种则是追惩制，即社会团体无需履行任何登记手续，即可合法成立，社会团体在后面的存续期间若有违法行为时，再进行追惩。我国法律规定我国实行预防制，社会团体必须经过登记才可以成立。但是，从法律实务角度来说，我国实际实行的是不健全的预防制。对于未经登记成立的社会团体，国家并没有及时取缔，而是当它进行违法犯罪活动时，司法部门才进行取缔。这种现象的产生主要体现了两个现状：第一，社会团体登记制度已经不再适应现实生活中社团的发展；第二，政府不愿意投入更多精力和资源制止非经登记的社会团体。
3.社团登记受到限制过多。尽管我国政府部门不否认社会团体是公民自由结社权的体现，但是，处于保持社会稳定的考虑，政府对社会团体登记时规定诸多限制性条件，非常严格。最突出的表现就是“归口登记，双重监督，分级管理。”[ 参见陈金罗：《社团立法与社会团体管理》，法律出版社1997年版。]所谓“归口登记”，指社会团体统一由相对应的民政部门登记；所谓“双重监督”，指社会团体接受民政部门和业务主管单位的双重审核，双重监督；所谓“分级管理”，指社会团体接受相对应的民政部门管理。另外，《社会团体登记管理条例》中还对登记社会团体的人数、资产、名称、限制竞争等领域做了严格限制。
三、我国历史上关于社会团体登记制度的考察
社会团体在中国古代十分常见，多以诗社、行会、会馆等形式出现。但是的法律一般只对“反贼”结社有所规制，就大众而言并没有太多限制。我国出现现代意义的社会团体则要追溯到晚清时期，一方面由于西方社团文化渐入中原，大众思想逐步开化；另一方面，一些有识之士希望通过结社的方式拯救民族危亡，于是社会团体进入到了一个蓬勃发展的时期。虽然这一时期的社团登记制度比较简陋，但其中的基本原则却影响后世。进入民国之后，民主共和深入人心，而且《中华民国临时约法》明确规定了公民结社自由权，所以说，这一时期的社团登记制度及脱胎于它的现行台湾地区社团登记制度，对我国来说具有重大的借鉴意义。
（一）《大清宪政编查馆拟定结社集会律》中的登记制度的考察
清朝末年，我国社会出现重大变革，由独立的封建王国转变为半殖民地半封建的状态。另一方面，从文化上讲，西学东渐经过侵略者的坚船利炮在中国的进程急剧加速。与此同时，清政府作为既得利益者，并不愿意改变当下的社会格局。这决定了它必然是站在了结社自由的对立面。事与愿违，随着民间社会团体日渐壮大，以至于影响到政治生活时，清政府不得不对其以法律的形式加以限制，所以《大清宪政编查馆拟定结社集会律》应运而生。全篇法条共计三十五条，其中绝大部分条款为规范“政事结社”，即政治性社会团体，不在本文讨论范围内。但是，呈报奏折中却有关于现代意义的社会团体，原文称“……良以宇宙之事理无穷，一人之才智有限，独营者常绌，而众谋者易工。故自学术、艺事、宗教、实业、公益善举，推而至于政治，无不可以稽合众长，研求至理，经久设立则为结社……”[ 奕劻等：《宪政编查馆会奏拟定结社集会律折》，《政治官报》光绪三十四年二月十三日，第135号。]该奏折中多处提到结社的好处，以及社会团体之于社会发展的重要性，但同时也抨击了企图颠覆政权的非法社团。关于登记制度问题于第二十二条进行了轻描淡写的描述：“凡按照法律准许之教育会、商会、农会、议事董事等会，及经官批准立案之结社不在此限。但须照第十九、第二十条办理。”这说明，清政府对社会团体准入实行预防制，即必须经过备案才可成为合法的社会团体，并报主管机关登记。