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3.职能体制难以调整
我国对各个事业单位的定位比较模糊，虽然已经尽可能的对事业单位的类别进行了划分，但是各个地区具体划分事业单位的标准各有千秋，实际操作过程也存在着众多问题。在每个事业单位内部的职能改革也有着不同程度的困难，每个职能部门的职能的公共性差距很大，若是不能清晰的区分各个部门的职能，则会给事业单位改革的方向带来或大或小的影响。
4.改革深度不够，系统规划存在不足
我国部分事业单位的改革仅仅只是浮于表面，没有从本质上对事业单位进行深层次的改革，在触碰到比较广的权力和制度时，容易畏首畏尾，导致改革不彻底。中国的事业单位改革任务繁琐，涉及范围极其广泛，势必要对改革过程中的人力、财力、物力等方面进行系统的管理，然而我国缺乏具有相关能力技术的工作人员，致使改革过程中的一些问题不能得到及时的纠正和解决，给后续的改革工作带来问题，改革的效果也会因此大打折扣。
除了上面提到的几个比较明显的问题外，事业单位改革还存在着一些其他问题，如公共服务收费水涨船高，公共服务质量和效率下降，城乡公共服务差距明显以及进展过于急躁等问题。这些问题都或多或少的给我国目前的改革带来了一定的阻力。源[自[751^`论`文]网·www.751com.cn/
二、事业单位改革滞后的原因探析
1.事业单位界限不清，机构庞大
我国事业单位的界线不清主要表现为政事不分，职责不明。几十年来，我国的事业单位一直是依附行政机关而运行，因此常常会出现“越位”或“缺位”的现象。本由政府完成的事由事业单位完成，而应该由事业单位完成的任务却被政府代劳了，这种现象既影响了政府的工作效率又限制了事业单位自身的发展，也为事业单位市场化改革带来了一定的困难。
首先，事业单位的职责不明确就无法有针对性的根据不同事业单位的特点及职责范围运用企业化的运作方式进行恰到好处的改革，如若以偏概全以大致相同的方式进行改革则极有可能产生事倍功半的结果。
其次，事业单位界限不清会导致机构设置混乱无序，进而导致人员膨胀，人浮于事。在我国事业单位市场化改革的过程中，因为事业单位的职责界定不明确和其自身的特殊需要增设了大量的机构，其中部分机构与现有的政府机关和国有企业机构混杂一起，职责交叉，权力划分不明确，资源分配不合理，难以管理。随着市场经济的发展，一些部门的作用在逐步缩小，甚至消失，成为一个徒有虚名的空架子，而有一些部门却垄断了大部分权力。
同时，随着机构的增多，事业单位从业人员也随之增加，过快的人员增长速度也给国家的财政带来了不小的压力。迄今为止，中国的事业单位总数已超过110万，纳入政府事业单位编制的人员有近3000万，各项事业经费支出占国家财政支出的30%以上，然而，事业单位人数增加了，费用提高了，效率却毫无起色，依旧低下。[1]
2. 事业单位人员公务员化，管理缺乏活力
长期以来，事业单位一直采用的是行政管理模式，管理机制死板缺乏灵活性，运行机制僵化，形成了“干部靠任命、职工靠调令、开销靠拨款、报酬靠职称”的呆板公式。单位内部缺乏竞争机制，员工工作没有积极性，没有敢闯、拼搏的精神，普遍存在“熬过一天是一天的”的心理和行政机关中“一张报纸，一杯咖啡过一天的”现象。另外，由于员工长期做同一种工作，无心钻研技能，致使技术得不到提升，造成大量的人才流失。