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基于信息论主导的第一阶段压缩编码方法压缩效果不明显，因此上世纪末开始陆续诞生了许多新型的方法：例如在分析计算机视觉基础上，Mallat结合离散小波变换形成自己独具特色的理论方法并成功运用到图像处理中，为小波变换的发展打下坚实的基石，同一时间提出的还有分形图像编码压缩方法。到了90年代A.5.Lewis和G.Knoes又提出了基于零树的编码方法，这种方法利用的是小波系数的特点，小波分解后形成高低频分量，那么小波系数在一定方向上可以忽略高级别的系数，利用节点串联不同的节点形成树形结构，能够有效地去除系数中的相关性，从而实现压缩编码。
随后Shapir利用比特平面编码方法改进了零树方法，并且提出了目前为止最有效的压缩方法 嵌入式零树小波编码方法。这种方法的图像编码采用分级操作，虽然这种方法在算法上增加了复杂度，但任然得到了认可并广泛应用于压缩处理中