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（二） 现代物流企业营业税的征收办法
1. 交通运输业的计税依据
交通运输业的营业额，是指从事交通运输的纳税人提供交通劳务所取得的全部运营收入，包括全部价款和价外费用。
纳税人将承揽的运输业务分给其他单位或者个人的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位或者个人运输费后的余额为营业额。公路、内河货物运输纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明的营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。
试点企业进行物流作业应分别按照收入性质进行核算。“交通运输业”税目应该登记通过提供运输劳务服务而取得的运输收入征收营业税并开具货物运输业发票。没有按找规定计算其营业税应税收入的，一律营业税记在“服务业”税目下。
在境内载运旅客或者货物出境、在境外载运旅客或者货物入境、在境外发生载运旅客或者货物的行为的单位或者个人，提供的国际运输劳务免征营业税。
2. 代理业的计税依据
纳税人从事货物运输代理业务，其营业额为其向客户收取的全部价款和价外费用，扣除支付给其他单位的港口费用、运输费、保管费、出入境检疫费、熏蒸费、仓储费、装卸费及其他代理费用。其他代理费用是指支付给海陆空港的港口建设费、铁路建设基金，支付给海关的报关费，支付的集装箱费用（包括堆存费、提箱费、装箱费、拆箱费、洗箱费），支付的货物保险费，支付给运输代理单位的代理费，经省地方税务局确认的其他费用。
3. 仓储业的计税依据
一般情况下，仓储业的计税依据为经营仓储业务收取的全部费用。但国税发〔2005〕208号文件明确，自2006年1月1日起，试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应当以企业所取得的所有收入减去支付给其他合作方企业仓储费用后的余额作为应计营业额，从而征收营业税。
（三） 现代物流业的税收现状
1.营业税存在部分重复纳税现象
重复纳税是目前存在于物流行业税收方面最重要的问题，已经对物流业的发展造成了一定的负面影响。
现代物流业综合性较强，它涵盖了仓储、配送、运输、装卸等多个环节的工作，这些环节是一环扣一环的，联系非常紧密且工作量很大。在实际工作中，很多物流客户为了方便，都倾向于将所有的环节全部包给一家物流企业来完成，然而就目前整个现代物流行业的规模来说，很多物流企业还不具备承担所有物流环节的能力。所以，有些规模不够大的物流企业在承揽总包业务之后还要进一步进行分包，例如，我们比较常见的，把运输业务分包给专门的运输公司，把配送业务分包给快递公司等等。但时根据目前的税收政策的规定，只有少数的试点物流企业可以将其承包的运输、仓储业务分包给其他企业并由其统一收取价款，在计算营业税额时，以该物流企业取得的全部收入减去支付给其他运输企业或仓储合作单位的运输费、仓储费后的余额作为营业税计税依据，而其他的物流企业包括试点物流企业的其他物流业务比如装卸、搬运等在缴纳营业税时，每分包一次就要开一次票，以分包额作为营业税的计税依据，这样就重复征税现象难免就会存在。另外，有些物流企业是从事仓储服务的，经营方式多为租赁经营，但税收政策又规定租赁费用不能从经营收入中扣除，这样也会导致了重复征税现象的发生。
我国大多数的第三产业都不征收增值税，从物流产业的发展角度来说是对现代物流业造成了负面的影响。影响主要表现在，因为营业税是无法抵扣的并且是对营业额进行全额的征税，会使得企业在考虑避免重复征税时改变竞争过程中的投资决策和生产决策。例如，由于物流企业进行外购项目但营业税无法进行抵扣，这种情况使得企业更愿通过自身提供服务，使得服务在企业内部自行解决，这种情况不利于现代物流业的发展。