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高度活跃的转座子对宿主来说是一种威胁，事实上基因组中绝大部分转座子是不活跃的，转座子的活性会受到诸多因素的影响。
转座子发生沉默是调节转座子活性的重要机制，这一过程的重要特征是产生和形成双链RNA(dsRNAs)和小干扰RNA(siRNAs) [13]。转座子末端的TIRs序列的转录产物、同一转座子互为反向的拷贝的转录产物、同一拷贝的双向转录产物等等都易形成dsRNAs。dsRNAs在Dicer蛋白家族的作用下被切割成21-23bp的小片段，随后成为小的单链RNA（siRNAs）,然后可以形成RNA降解复合体去干扰或降解相关RNA，达到沉默效果。或者，siRNA形成其他蛋白复合体使染色质发生修饰，如DNA甲基化、组蛋白修饰、改变染色质的组装和压缩。这些表观遗传修饰可以使转座子沉默。