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2.1.4同源序列的对比及系统发育树分析
应用DNAMAN软件对所获得的同源蛋白质序列进行对比分析构建系统发育树。
2.2蛋白质的基本分析
2.2.1蛋白质理化性质的分析
通过ProtParam在线软件对拟南芥GPDH的三种蛋白氨基酸的理化性质进行分析。
2.2.2蛋白质跨膜区、亚细胞定位、磷酸化分析
利用TMHMM Sverver v. 2.0进行跨膜结构域分析，利用 EXPASY中的 TargetP软件进行亚细胞定位，用Netphose 2.0 server分别对3种拟南芥GPDH蛋白氨基酸序列进行磷酸化预测。
2.2.3拟南芥GPDH信号肽的分析
利用SignalP 4.0 Server对GPDH蛋白的信号肽预测。
2.3蛋白质结构的预测
2.3.1拟南芥GPDH蛋白质二级结构的分析和保守结构域的分析
利用EXPASY软件的GOR在线分析拟南芥GPDH的3条序列蛋白质序列进行二级结构的预测，在NCBI网站上运用BLASTp检索非冗余蛋白质数据库，分析其保守结构域。
2.3.2蛋白紊乱区、球蛋白区预测
利用GlobPlot软件（http://globplot.embl. de/）对拟南芥GPDH的蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测。
2.3.3拟南芥GPDH蛋白质三级结构的分析与评价
利用Geno3D程序进行同源建模预测蛋白质结构，运用Rasmol软件设计 它们的3D结构模型。
2.4拟南芥GPDH蛋白基因结构与定位分析
通过拟南芥GPDH的mRNA的序列号对应的基因序列定位识别号进行超链接，对其基因结构与定位进行分析。
2.5拟南芥GPDH蛋白电子表达分析
利用EST和Unigene数据库对其进行电子表达分析。
3结果与分析
3.1拟南芥GPDH蛋白序列的获取与进化分析
利用NCBI蛋白质数据库获取拟南芥GPDH的蛋白序列，一共有34条序列，去除冗余后，得到7条不同的蛋白序列，把这七条序列分别命名为CAC69665.1、AED94573.1、 AEC09864.1、AAF21179.1、AEE74587.1 、AAF21179.1 、AAL87336.1。利用DNAMAN建构进化树及多序列对比，结果如图1所示。从图1可以看出CAC69665.1，AAF21179.1和AEE74587.1的亲缘关系较近，可以将它们归为一类；AED94573.1和AAL87336.1的亲缘关系较近可以视为一类；AEC09864.1和AEE74897.1亲缘关系较远，将它们分别视为另一类。多序列对比的结果显示这些蛋白质序列的相似度为36.79%，序列分化成多样性，基本无一致性，这表明拟南芥的GPDH蛋白在进化的过程中，通过不断突变（包括插入、缺失和删除等），分化出产生新成员，承担新的功能，依据这一结果，从中选择CAC69665.1、AEC09864.1、AEE74897.1三条序列作为代表， 进行以下方面的生物信息学分析，以获得对拟南芥GPDH蛋白的深刻认识。
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