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目前利用双亲作图结合图位克隆的方法获得水稻籽粒垩白QTL定位是比较常用的方法，但是它存在一些不足：群体构建时间长、难以获得存在于种质资源中的最优等位基因、只能鉴定出两个亲本中较好的等位基因，而自然群体的关联分析可以弥补这些不足[31]。GWAS技术是一种以连锁不平衡为原理的分析策略，被用来在全基因组范围内检测DNA变异与可观测的性状之间的遗传关联。近年来，随着基因组学以及新型测序分析技术的迅猛发展，全基因组关联分析技术应用日趋广泛，是研究发掘与植物特异性状相关的QTL及基因的有效方法，所以利用GWAS来定位水稻农艺性状的研究报道越来越多。Huang 等[32]通过517份核心种质进行全基因组关联分析，定位到了37 个QTLs，共影响14个农艺性状，其中一些位点与已知基因距离很近，甚至位于同一区间，部分位点还被精细定位到100 kb 以内。他们又进一步将群体扩大到950份，在原有的基础上又定位到了32 个新位点[33]。Zhao 等[34]对来源于全世界不同地区的413份核心种质，利用全基因关联分析定位到影响34个农艺性状的大量QTLs。
本研究利用来自美国康奈尔大学Susan McCouch教授课题组，从世界各地收集、分离和鉴定的293份稳定遗传的纯合体的水稻的自然变异群体。在环境可控的条件下，统计籽粒垩白率，通过GWAS鉴定与籽粒垩白相关的QTLs位点和相关基因。
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