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摘要：反刍动物瘤胃作为消化系统的核心部分，其瘤胃内定植了种类繁多的微生物，能够使其降解植物纤文，提供可吸收的营养物质给宿主用于生长发育，一旦瘤胃内微生物菌群组成发生明显的改变，将会直接影响动物正常的生理状态，甚至引发病变或死亡。本研究通过从相关数据库获取反刍动物瘤胃微生物不同相16S rRNA基因高通量测序数据，对比分析刍动物瘤胃不同相核心微生物菌群的差异。本试验共获取瘤胃壁、瘤胃液及瘤胃内容物样品76个，QIIME分析不同相瘤胃细菌 Shannon 平均指数分别为瘤胃内容物6.65、瘤胃壁6.09、瘤胃液6.41；Observed_species平均值分别为瘤胃内容物247、瘤胃壁168、瘤胃液209，且瘤胃液显著高于瘤胃壁（P < 0.05）。PCoA分析结果显示，瘤胃三相样品间差异明显，各自聚为一簇。物种注释结果显示，17个门、22个纲、27个目、34个科、 51个属在所有样品中被鉴定，瘤胃液中主要门为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门，瘤胃上皮中主要门为拟杆菌门、厚壁菌门和黏胶球形菌门，瘤胃内容物主要门为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门；瘤胃液中主要属为雷沃氏菌属、乳杆菌属和纤文杆菌属，瘤胃上皮中主要属为雷沃氏菌属，瘤胃内容物主要属为雷沃氏菌属。结果证明：反刍动物瘤胃内不同相核心微生物菌群间存在较大差异。30510
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毕业论文关键词：反刍动物、瘤胃、16S rRNA基因、瘤胃液相、瘤胃固相、瘤胃壁
Analysis of microbial community in different rumen phages
Abstract: in the rumen of a ruminant animal as a core part of the digestive system, the rumen colonization of many kinds of microorganisms can degrade the plant fiber, provide nutrients absorption to the host for growth and development, once the rumen microflora changed obviously, will directly affect the normal physiological state of the animal, even cause disease or death. This study through the different types of database access from the rumen of a ruminant animal microorganism in different phases of 16S rRNA gene data, used in recent years new high-throughput sequencing technology comparative analysis of different types, different growth periods and different rearing environment, significant ruminant animals of different rumen microbial flora is the core of the difference in different feeding conditions. The results showed that the total number of 76 samples, the average ruminal bacteria richness index Chao index were rumen contents (Digesta) 487 (n=43), rumen wall (Epithelial) 273 (n=10), rumen fluid (Fluid) (n=23) 381; alpha persity index Shannon index for tumor of gastric contents (Digesta) 6.65 (n=43), rumen wall (Epithelial) 6.09 (n=10), rumen fluid (Fluid) (n=23) 6.41; OUT classification operation unit respectively with rumen contents (Digesta) 247 (n=43), rumen wall (Epithelial) 168 (n=10), rumen fluid (Fluid) (n=23) 209. After species annotation, 17 phyla, 22 classes, 27 orders, 34 families, 51 genera were identified in all samples and relative percentages were determined. The results showed that there were great differences among different core microorganisms in the rumen of ruminants
Keywords: ruminant, 16S rRNA gene, rumen solid, liquid, epithelial
目 录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Key words 1
引言 2
1材料与方法 3
1.1数据的搜集与下载 3
1.2数据整理 3
1.3生物信息学分析 5
1.4统计分析 5
2结果与分析 5
2.1α多态性分析 5
2.2 β多态性分析 6
2.3 分类学（Taxonomy）比较 6
3讨论 9
4结论10
致谢 10
参考文献 10
反刍动物瘤胃不同相核心微生物菌群分析
引言：从Gubry和Delaford在1843年发现反刍动物的瘤胃微生物时起，一直到20世纪初，由于受到技术和研究条件的限制，许多研究者主要从事的研究工作是分类、形态学方面的(Hungate，1966)。早在20世纪30年代我国学者熊大仕就开始了这方面的研究，尤其在瘤胃纤毛虫的分类和形态方面。1940年以后，才证实了瘤胃微生物在宿主内的消化作用。1948年，英国学者 Pillpson和Elsden 基于动物生理的研究，阐明了微生物发酵产生挥发性脂肪酸在反刍动物营养中的重要性[1]。同一时期，Hungate等人在瘤胃微生物的生理、形态以及区系划分等方面做出了很大贡献[1]。20世纪70年代以来，微生物研究领域由于电子显微镜的应用使人们更深入地了解到微生物的亚细胞结构功能之间的关系，并很好的解决过去在微生物系统分类方面存在的许多分歧。目前公认的对瘤胃微生物进行种类划分的是1966 年Hungate做出的，他将瘤胃微生物分为 11 大类，即纤文分解菌、半纤文素分解菌、蛋白分解菌、果胶分解菌、淀粉分解菌、脂肪分解菌、产甲烷菌、文生素合成菌、单糖利用菌、酸利用菌、产氨细菌和尿素分解细菌等[2]。至今分离获得纯培养的瘤胃细菌约有29个属69个种[3]。