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但是，缓控释肥料也可能存在某些缺点：1)迄今为止还没有可靠的、标准的测定方法对养分释放方式进行测定，因此，实验室测试获得的资料与田间情况下养分释放方式的实际情况可能缺乏相互的关系；2)脲甲醛等缓释肥料所含的氮可能极慢地或者一点没有被释放给土壤溶液；3)硫包衣尿素最初的养分释放可能太快，以至引起对作物的伤害。或者一些包硫颗粒如果涂层太厚，作物需肥期间这些颗粒中所含的养分不能释放出来；4)硫包膜肥料的施用可能增加土壤酸度。由于硫和尿素都能增加土壤酸度，如果大量施用了硫包膜尿素就可能发生这种情况；5)聚合物包膜的控释肥料可能在农田上留下不易降解的膜壳残留物；6)同生产传统的无机肥料相比，制造包膜控释肥料的成本较高；7)包膜肥料比传统肥料需要更多的市场操作(专门的咨询服务)和销售费用。
1.4 测试缓控释肥肥效的方法
缓控释肥料效果的提升不仅要寻找新的更加有效的控释材料或新化合物，而且还要加强缓控释肥料释放性能评价方法方面的相关工作[12]，这些评价方法不但需包括实验室测试释放性能的简便评价法，而且还需涉及田间释放规律和实验室测试方法的相关评价模型[13]，从而构成了实验室研究或工业设计缓控释肥料的基石。目前主要有以下几种评价方法。
1.4.1 水浸泡溶出率法
水浸出法是将缓控释包膜肥用盐溶液或水浸提，得出肥料在一定时间内溶出养分的方法[14]。日本包膜肥料的缓释效果是通过微分溶出率和初级溶出率进行评价的。初级溶出率是未包膜完整肥料颗粒数目的表现形式，通常≤40%；完整的包膜肥料颗粒通过微分溶出率表现每日养分释放的百分率，0.25～2.5%是大部分包膜缓控释肥的微分溶出率。
水浸出法由于具有简单易行等优点，因此成为众多评价法中比较常用的一种方法，但其不足之处在于没有考虑到土壤水分是由多种养分离子组合而成的盐溶液，而且随着浸泡液中的养分浓度不断增加，必然会导致溶液中pH的变化，影响养分离子通过膜的迁移速率，因此能够直接影响到养分释放评价的准确性[15]。
1.4.2 土柱淋溶法
土柱淋溶法是在封闭的过滤系统中，用一定浓度的溶液或水淋洗装有载体的包膜缓控释肥料的方法，从而测定淋溶液中的养分含量。载体可以是土壤、泥炭、蛭石、聚乙烯球等。杜建军等人的研究得出土壤淋出率法与实际较为相近，而水中溶出率法是无法与之媲美的，因为该方法除了反映在土壤溶液中肥料养分的释放率，而且还考虑了养分分子或离子在土壤溶液中吸持和水分运动的影响，为预测田间养分释放规律建立快速、准确的模型及方法提供理论依据[16]。
土柱淋溶法兼有高稳定性、低花费，前景广阔等特征，缓控释包膜肥的养分溶出规律能得到较好的体现，但由于没有综合考虑土壤中诸多因素对缓释肥料释放效果的影响，所以目前还只限于实验室实验。今后需要加强在真实环境中的实验及应用。
1.4.3 生物学评价法
目前，水溶出率法和土柱淋溶法是缓控释肥料养分释放性能的常用评价方法。由于土壤是由三相(固、气、液)构成的体系，因此，肥料养分的释放及其释放形态必然会受到土壤内强烈的生物、物理、化学过程的影响。所以，土壤中肥料养分的实际释放性能并不能由水中溶出率法完全反映，土柱淋溶法中的土柱长度也将影响到肥料的实际释放性能。在有农作物消耗养分的情况下，上述两种方法都不能反映缓控释包膜肥养分释放性能。
目前为止，最能体现缓控释肥料释放性能规律的是盆栽实验或大田实验。通过农作物不同繁殖期的吸收量，以速效性肥料为参比，计算缓控释包膜肥的养分溶出率。但大田实验相对于盆栽实验较难控制，它易受诸多自然条件的影响[17]。同时，同一种缓控释包膜肥对不同的作物及土壤条件的释放性能是不尽相同的，统一的规律性难以被总结出来，因此实验条件的选择有待进一步完善。