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Kyoko Ikeda等人在2012年又发现了apo2/rfl突变体。apo2/rfl突变体的花序类似于apo1突变体，也表现为枝梗和小穗数目的减少。分析表型和基因表达发现APO2/RFL基因具有促进枝梗分生组织向小穗分生组织过渡，花器官的发育，调节叶引发速率和开花时间的功能[18]。以上结果都表明，APO1与APO2/RFL对水稻营养生长和生殖生长均产生影响，对水稻的生产具有重要的意义。
APO2/RFL基因是拟南芥LEAFY(LFY)基因在水稻中的同源基因，参与调控花序和花的生长。但RFL基因和LFY基因的功能并不相同。APO2 / RFL和LFY对花序发育的作用相反[18]。水稻rfl突变体的花序分生组织提前转变为小穗分生组织，而拟南芥lfy突变体从花序分生组织向小穗分生组织的转变却延迟，上述现象表明水稻（单子叶植物）和拟南芥（双子叶植物）之间控制花序结构的遗传机制存在差异。水稻apo2/rfl突变体的穗型变小，一次枝梗减少，花序分生组织确定性丧失，说明RFL基因对于花序分生组织特性的确立和文持是必须的。进一步研究指出RFL基因与APO1基因存在互作，RFL蛋白和APO1蛋白能协同调控水稻穗发育[18]。它们之间的互作机制还有待研究。
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