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而随着人们生活和生产发展的需要，工业、农业生产中富含大量N、P、K等元素的污水废水排入水体，其富含的N、P、K等元素为水体中蓝藻地大量繁殖提供了充足的营养元素，使得蓝藻、绿藻、硅藻等藻类成为了水体中的优势种群。而伴随着藻类的大量生长，会大量消耗水中的溶解氧，影响其他水生生物的正常生长。此外由于藻类繁殖迅速，水中的营养盐类会很快被用尽，致使藻类也很快死亡，藻类死亡的过程中的腐败、分解，有要消耗水中大量的溶解氧。伴随着死亡藻类的分解，原本被其吸收的营养元素又会再次释放到水体，为新的幼藻吸收使用。如此往复不断，水体出现严重恶臭，且难以治理。另一方面，蓝藻是一种光能自养型微生物，其特点之一是所产生的并在藻类水华时大量产生的特殊次级代谢产物藻毒素有着广泛的毒性，对于许多物种都有毒性作用。