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植物外部形态差异和内部结构特点，是形成除草剂的形成选择的依据。自然界中由于植物外部形态的差异，对除草剂的承受和吸收能力也有差异；由于内部组织结构差异，对除草剂反应也有差异。正是利用这些特点，形成了形态选择。.
茎叶处理除草剂的选择性与植物叶片特征、生长点位置有关。禾本科植物，如水稻、马唐、狗尾草、玉米、小麦等，叶片狭窄、直立，叶表面有较厚的蜡质层，洒落在叶表面的除草剂易于滚落，不利于除草剂的渗入和吸收。而阔叶植物，如花生、大豆、棉花、王不留行、荠菜、野油菜、播娘篙等，叶片横展，着生角度大，叶面角质层蜡质层较少，叶片可以接纳和拦截较多的除草剂，因而对除草剂易于渗透和吸收。阔叶植物的生长点在嫩枝的顶端，并裸露在外边，易于受到药剂的直接毒害。禾本科植物生长点位于植株的基部，并被几层叶片包围，不会遭受药剂的药害。.
植物输导组织结构的差异，可引起不同植物对一些激素型除草剂的不同反应。双子叶植物的形成层，位于茎和根内木质部和韧皮部之间的分生组织细胞带，对激素型除草剂敏感。如当激素型除草剂经文管束系统到达形成层时，能刺激形成层细胞加速分裂，形成瘤状突起，破坏和堵塞韧皮部，阻止养分的运输而使植物死亡。禾本科植物的文管束，呈星散状排列，无明显的形成层，因此对激素型除草剂不是很敏感。.
不同的植物，对同一种除草剂生理生化反应不一样。因此，不同植物对除草剂的吸收和传导有很大差异，除草剂在农作物体内和杂草内部能发生不同的生化反应，解毒作用也不一样，不同农作物活化作用在体内表现也有差别，这就形成了生理生化选择。.
不同植物对药剂的吸收和传导有很大差异：吸收和传导除草剂量越多的植物，越易被杀死。如2，4-D、二甲四氯等除草剂，能被双子叶植物很快吸收，并向植株各部位转送，造成中毒死亡，而禾本科植物就很少吸收和传导。对同一种植物来说，生长快、幼小的比生长慢、年老的对除草剂更加敏感，例如使用杀草丹，在幼龄期，稗草比水稻吸收除草剂快，并快速传向全身，而水稻不仅吸收少，还能迅速将杀草丹分解成无毒物，但随着稗草苗龄增长，与水稻的抗药能力基本无差别。
不同的植物加入除草剂后会发生不同的生化反应：生化反应包括活化作用和解毒作用。
除草剂可被某些农作物分解为无毒物而不受伤害，而杂草缺少这种能力则会中毒死亡。如把敌稗喷洒到稗草和水稻叶片上后，因为水稻体内含有一种芳基酰氨水解酶，可以将敌稗水解为无毒的化合物，而稗草则没有这种芳基酰氨水解酶，便中毒死亡；西玛津、莠去津能安全地用于玉米田，是因为在玉米根系中西玛津能发生脱氯反应而解毒；棉花株内有脱甲基的氧化酶，可分解敌草隆，因而棉田使用敌草隆是安全的。
有些植物体内的成分能与除草剂发生轭合反应，形成无活性的轭合物而解毒。如草灭平能安全地用于大豆田，是由于它能与大豆植株体内的葡萄糖形成N-葡萄糖草灭平；绿黄隆能安全地用于小麦田，是由于它能与小麦体内的葡萄糖迅速轭合形成5-糖苷轭合物。
某些除草剂本身对植物并无毒害，但在有的植物体内它会发生活化反应，.将无毒物转化为有毒物而中毒，没有这种能力的植物就不会中毒。如用于大豆田除草的2，4-D丁酸本身对一般植物是无毒的，而有的杂草体内含有β氧化酶，它能将2，4-D丁酸转化为2，4-D，所以对大豆安全，杂草则易于中毒。防除小麦田野燕麦的新燕灵除草剂，在植物体内可被分解为有毒的脱乙基酸，在野燕麦体内分解率较高，因此受害，而在小麦体内分解率较低，其分解物还可能迅速与糖轭合，则对小麦相对安全。