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摘要：随着现代生物技术的快速发展，原核微生物的系统分类也从传统的形态学研究进入到化学分类、基于核糖体 16S rRNA基因的的分子分类、多相分类和基因组水平的分类。内生菌 D-7 是前期从茶树样品中分离得到的菌株, 16S rRNA基因相似性分析表明，该菌株与红球菌属中的典型种 Rhodococcus coprophilus，Rhodococcus phenolicus的相似性最高，分别为96.7和 96.5%，均低于97%细菌定种的界限。本文采用综合表型、化学分类与基因型相结合的多相分类学方法对该菌株进行分类鉴定，研究结果表明菌株 D-7是红球菌属的一个新物种。41412
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毕业论文关键词：内生放线菌；红球菌；多相分类；新物种
Study on the taxonomy of an endophyticactinomycete of the genus Rhodococcus
Abstract：With the rapid development of modern biotechnology, the systematic classification ofprokaryotic microorganisms has also entered into the chemical classification, the molecularclassification based on the ribosomal 16S rRNA gene, polyphasic taxonomy and the genomic levelclassification from the traditional morphological study. The endophyte D-7 was isolated from thetea plant sample. The 16S rRNA gene sequence analysis showed that this strain displayed highestsimilarities of 96.7% and 96.5%with type strains Rhodococcus coprophilus and Rhodococcusphenolicus, values well below the 70% cut-off point for the delineation of genomic species. Thestrain D-7 was classified detailed by the combined morphological, chemotaxonomic andphylogentic analysis in this study, and the results showed that strain D-7 should be classifiedwithin the genus Rhodococcus as a novel species.
Key words: Endophytic actinomycete, Rhodococcus, Polyphasic taxonomy, new species
目录
引言. 1
1.材料与方法1
1.1 供试材料 1
1.1.1 实验菌株. 1
1.2 实验仪器2
1.3 实验方法2
1.3.1 形态和培养特征 2
1.3.2 生理生化特征.2
1.3.3 化学分类特征.3
1.3.4 分子特征. 3
2.结果分析4
2.1 红球菌属一个新种的多相分类4
2.1.1 菌株D-7 的形态和培养特征. 4
2.1.2 菌株D-7 生理生化分析结果. 4
2.1.3 菌株D-7 化学分类结果5
2.1.4 菌株D-7 分子分类结果7
2.1.5 菌株D-7 分类鉴定结果9
3. 讨论 9
4. 致谢 9
5. 参考文献10
引言属于细菌域放线菌门的红球菌属的菌株功能性多样、分布相当广泛，它能够分解掉石油[1]、苯及其衍生物和残留的农药，还能够产生活性物质如脂肪酶[2]、腈水合酶、胆固醇酶等等。红球菌属成员是目前发现的有机污染物降解的重要微生物类群之一。由于红球菌它可以适应多种多样的底物环境，并且还有非常强的有机溶剂耐受性和非常宽的降解谱， 于此同时可以通过产生表面活性剂和改变细胞表面组成结构来提高自己本身对疏水性的环境一个适应能力。所以，红球菌在一些石油污染的生物修复和石油污染物的降解领域有十分重要的应用价值[3]。1891年，由 Zopf建立了红球菌，直到现在，红球菌属的各个菌种分类地位还在连续的变化中。红球菌的系统分类学变化较大，到目前为止，红球菌属有超过60 个国际有效发表物种。此外，原先属于红球菌属的 14个种先后被分类到其他的属中，同时也有少量其它属种被重新划分到该属[4]。自从 1970-1980年以来，科学家们就陆陆续续的发现了红球菌属的菌株有十分强大的催化能力以及生物降解力，还能降解掉很多的有毒化合物，例如降解多环芳烃、苯酚等污染物[5]。随着分子生物学的快速发展，放线菌分类鉴定，也渐渐从表型分类进入到化学分类、分子分类等等多种分类相结合的阶段[6]。德国科学家在 1997 年新的分类系统之中，把放线菌分成 5 个亚纲、6 个目、14 个亚目、43 个科。《伯杰氏系统学手册》是 2001年出版面世的，高 G+C 含量革兰氏阳性细菌被确定为放线菌门是在第二版本[7]。并且放线菌是一类非常重要的微生物资源[8]，能够产生抗生素、酶类等。与此同时，放线菌在防治植物病害中能够发挥非常重要的作用，具备不可估量的优势[8],我们国家近年来为研究新型农药，也加强了对放线菌资源和分类的研究。菌株D-7 是实验室前期从茶树中分离获得的一株内生菌， 前期研究发现该菌株可能为一个潜在的新物种，本文对其进行较为详细的分类研究，以确定该内生菌的分类地位。1.材料与方法1.1 供试材料1.1.1 实验菌株菌株D-7 为从茶树样品中分离所得的内生菌。