高粱SbCOBRA基因的鉴定表达与进化分析(2)

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在分析拟南芥的根发育的过程中COBRA基因首次出现在人们视野中，它存在于细胞异常膨胀的突变体中[2]。COBRA基因编码的蛋白还含有几个保守序列，包括N-末端、亲水区、C-末端、CCVS接口和一个u位点[3-7]。COBRA基因编码一种糖磷脂肌醇锚定蛋白，这种锚定蛋白控制细胞壁纤维素微纤丝的生长方向和快慢[8]。糖磷脂肌醇锚定蛋白是一种细胞表面蛋白，它由糖链、蛋白质和脂质共价结合而成并作用于细胞膜外表面[9-12]。植物的机械强度、形态建成和果实成熟软化等生长发育都与细胞壁有密切关系。但是，目前关于COBRA基因起源和进化特征尚未知晓并且研究多在于其功能及作用特点和机理的研究[13-14]。本实验分别选择不同类别的模式植物如无油樟、欧洲云杉、谷子、江南卷柏和高粱等，采用生物信息学手段对COBRA转录因子进行鉴定并对其进化特征予以分析，通过对不同植物COBRA基因及生长发育的分析研究后对高粱转录因子及形态学特征的探究发现具有重要意义。

1 材料与方法

1.1 序列检索与下载

在TAIR 网站(https://www.arabidopsis.org/index.jsp)上直接搜索COBRA基因获得COBRA基因家族的所有基因ID，然后在NCBI里搜索所有COBRA基因所编码的蛋白序列。为检索高粱所有COBRA家族基因成员，利用BLAST搜索工具在高粱基因组中挖掘COBRA家族基因，最终得到与拟南芥COBRA基因同源物，这些同源物被认定高粱COBRA候选基因。为进一步确证这些基因是否为COBRA家族基因，利用Pfam工具[15]分析这些植物的COBRA蛋白的功能结构域，含有COBRA典型功能结构域的蛋白被视为COBRA家族成员。COBRA结构域(PF04833)长度有所变异，但绝大多数高粱COBRA候选蛋白均具有这个典型的结构域。