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链格孢属真菌病害的生物防治方法主要有：微生物制剂、微生物代谢产物（农用抗生素、几丁质酶、抗菌蛋白及其他、植物源制剂）、诱抗剂[7]等。在农用抗生素方面，我国的一些实验室筛选分别到了多种有效的拮抗链霉菌，产生的抗生素在实验室条件下可有效预防和减轻烟草赤星病。抗真菌的农用抗生素的作用主要在于使植物病原真菌的能量代谢系统、菌体细胞膜、细胞壁和蛋白质合成系统等方面；有的还可抑制病菌的某些酶系统、改变病原菌的形态、提高植物的抗病力、阻碍菌体的糖代谢。防治链格孢属真菌造成植物病害的农用抗生素目前主要是多氧霉素和多抗霉素。可可链霉菌(Streptomyces cacaoivar.asoensis)产生的多抗霉素(polyox-in)是一种胞嘧啶核苷类抗生素，它的主要组成部分为polyoxin A和polyoxin B，作用位点主要是真菌的细胞壁。几丁质酶常作用于新生的几丁质，但是由于不易接触到存在于成熟细胞壁中的几丁质层，所以相对较难被降解。作用机制主要是能和β-1，3-葡聚糖酶以及其的他病原体有关的保护蛋白协同产生作用，具有明显的抗菌活性，有生物学家研究了用纯化的几丁质酶和提取的木霉几丁质酶的粗酶液混合液对互格交链孢菌孢子萌发的抑制作用，实验表明粗酶液在两天内导致芽管发生畸形和细胞壁的破裂或严重抑制芽管伸长和孢子萌发；其混合液同样明显的表现出对孢子萌发的抑制作用。但在酶活性相似的情况下，粗酶液对互格交链孢菌孢子萌发的抑制率明显高于纯化的几丁质酶的抑制率。抗菌蛋白和多肽的作用原理在于其可以引起植物病原菌菌丝畸形，使胞壁穿孔从而使细胞膜发生不规则消解，造成细胞内含物外泄，细胞失活。并且抑制的病原菌菌丝生长以及孢子萌发。目前已有多位生物学家从多种微生物的代谢产物中分离出了对链格孢属真菌明显抑制作用的酚类化合物等。植物在生长中能生成丰富的次级代谢产物，有很多蛋白以及独特的化学物质都对害虫和病原菌有明显抑制作用，Singh在上个世纪八十年代发现了亚香茅精油能抑制菌链格孢菌活性。二十世纪又有科学家发现蕨类植物中提取的吲哚类生物碱能抑制链格孢菌孢子萌发。诱抗剂是基于病菌激发子和植物诱导抗病性原理起防治植物病害作用的物质。激发子是一类能够诱导寄主植物产生防卫反应的特殊化合物，其防卫机制包括抗微生物的植物保卫素的合成和积累；攻击病原物表面多聚物的糖基水解酶的产生；抑制病原物降解酶的蛋白质抑制物的合成和由于胼胝质、富含羟脯氨酸糖蛋白或木质素沉积而对植物细胞壁的修饰作用等[8]。
微生物制剂有效成分是细菌、真菌、病毒等微生物活体，它通过筛选分离出对靶标有效的微生物活体菌进行液体或固体发酵制备而成[9]。关于拮抗细菌的利用方面，芽孢杆菌由于具有很高的抗逆性，这种特性使它不仅易于在普通环境中存活并且可以在特殊生境存活，发挥作用，从而一直是研究的热点。其中拮抗菌的生防机理包括竞争作用、拮抗作用、诱导植物抗性等，尤以产生抗生素、抑菌蛋白和挥发性抗菌物质最为重要[10]。目前已有多种拮抗细菌菌种被筛选出来针对一些链格孢属真菌的防治[11]。在真菌方面对链格孢属真菌的防治的研究主要有发现了绿色木霉菌株Tv-1，它主要通过的其菌丝附着、缠绕在链格孢属真菌的菌丝上，并且生长非常迅速，同时还能产生特殊的吸器破坏链格孢属真菌的菌丝；并且还能够分泌相应的物质使链格孢属真菌菌丝原生质严重破坏，所以对烟草赤星（由于链格孢属菌株感染引起）病有明显拮抗作用。木霉菌除了对链格孢属真菌有显著作用外，由于其重寄生作用、生长竞争和产生生物活性类物质，如抗生素等`751*文+论]文|网\www.751com.cn，所以在对其他有害真菌防治方面依然可以发挥重要作用。