叶绿体atpF-atpH序列的石斛物种鉴别

菜单

摘要我国传统的药用植物鉴定方法容易受到环境等外界因素的影响，因此很难对药用植物种类做出快速、准确的鉴别。从分子水平上鉴别石斛成为目前的研究首选，对石斛属的14种植物材料DNA条形码基因atpF-atpH进行PCR扩增克隆，并对PCR扩增产物测序，以建立系统进化树并进行序列差异分析，以建立石斛属植物鉴定的评价体系。结果表明，atpF-atpH扩增产物为1条300bp左右的目标条带，对于供试的石斛属材料，扩增效率和测序成功率均达到100%。通过比较序列种内种间变异、遗传距离分布和构建系统进化树来评价其鉴别能力。说明DNA条形码基因atpF-atpH可以用于石斛属的物种鉴别。44055

Abstract

Traditional Chinese medicinal plant identification method is easily affected by external factors such as environment, it is difficult for medicinal plant species to make quick and accurate identification. Dendrobium from the molecular level to identify the current study to become the first choice of 14 kinds of Dendrobium plant material atpF-atpH DNA barcoding gene was amplified by PCR cloning, and sequencing of PCR products, in order to establish phylogenetic analysis and sequence differences to establish Dendrobium identification evaluation system. The results showed that, atpF-atpH 300bp amplification product of a destination stripe around, for the tested material Dendrobium, amplification efficiency and sequencing success rate of 100%. By comparing the sequences of intraspecific variation, genetic distance between species distribution and the phylogenetic tree is constructed to evaluate the ability to identify. That DNA barcode atpF - atpH genes can be used for species identification of the genus Dendrobium stem.

毕业论文关键词：石斛; atpF-atpH序列; DNA条形码(DNA barcoding); 鉴别

Keyword: Dendrobium; atpF-atpH; DNA barcoding; identification

基于叶绿体atpF-atpH序列的石斛物种鉴别 2

一、引言 5

二、材料与方法 6

1.材料 6

1.1石斛属植物实验材料 6

1.2主要实验器材 6

1.3实验试剂中的部分溶液配制 7

2.方法 7

2.1 基因组DNA提取 7

2.2 PCR扩增和测序 7

2.3序列分析、系统发生树构建 8

三、结果 8

3.1植物材料DNA提取和atpF-atpH 基因的扩增 8

3.2 atpF-atpH 序列特征分析 8

3.3 atpF-atpH序列遗传距离矩阵图分析 11

四、讨论 12

五、结论 13

参考文献 13

致谢 14

一、引言

石斛属（Dendrobium）是兰科植物中的第二大属，全球共有大约1500种，我国有76种，均被列为国家一级野生保护植物，主要分布在我国的华南及西南地区。我国石斛属植物中约有40种作药用，被2000版《中国药典》收录的药用石斛有五种：金钗石斛（Dendrobium nobile Lindl.）、铁皮石斛（D.candidum Wall.ex Lindl.）、环草石斛（D.loddigesii Rolfe.）、马鞭石斛（D.fimbriatum Hook.var.oculatum Hook.）、黄草石斛（D.chrysanthum Wall.）。石斛作为一种名贵的中药材，在《本草纲目》中就被收录, 在《神农本草经》中列为上品, 具有益胃生津、滋阴清热、明目利嗓等作用。此外, 还具有非常高的观赏价值，同卡特兰、蝴蝶兰、万代兰并列为观赏价值最高的“四大观赏洋兰”。由于石解属植物集药用和观赏于一体,长期以来，过度的开发利用，造成石斛资源严重破坏，加之石斛对生长条件要求苛刻，繁殖率低，导致石斛尤其是野生石斛生长发育缓慢，数量稀少,甚至处于濒危的状态[1]。同时，石斛种间形态相似度极高，使得石斛市场较为混乱。因此，寻找快速、准确的鉴定铁皮石斛药材的方法是十分紧迫和必要的。我国传统的药用植物鉴定方法包括形态鉴定、显微鉴定和理化鉴定，主要建立在对植物的性状特征分析，但是这些性状特征与环境紧密相关，很容易受到环境因素的影响。再者，药用植物资源丰富，很多种类形态相似，利用传统的鉴别方法很难对药用植物种类做出快速、准确的鉴定。从分子遗传学角度来看，物种表型的差异归根结底应追溯到基因型的差异，即在DNA序列上的差异。因此，对基因组序列差异的比较研究无疑为药用植物鉴定提供了本质依据[2]。