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2003年，DNA条码分子技术首次被Hebert[3]提出来,并在多个物种鉴定中成功应用,它成为物种鉴定的一种强大工具,加快了新种和隐种的发现。该技术是通过使用1个或一些短的DNA基因片段作为标记来对物种进行快速、准确识别的技术。这种方法有着独一无二的准确性和可重复性,是生物分类和物种鉴定发展的重要方向[3]。DNA条形码技术不仅是传统物种鉴定的强有力补充，而且使标本鉴定过程实现自动化和标准化，突破了传统鉴定方法对经验的过度依赖,能够在较短时间内建立形成易于利用的应用系统。植物DNA条形码技术作为新兴的生物分类学工具，短短几年内在中国得到了迅速的发展，这促进了我国植物DNA条形码科研的发展，同时也促进了植物物种鉴定和分类。DNA条码分子技术也将对我国植物中药材的质量控制和标准化建设发挥重大作用，是目前国际生物分类和鉴定研究中引人注目的新方向，将更加广泛地运用到药用植物的研究。
植物的DNA条形码比动物要复杂，完美统一通用的植物DNA条形码并不存在，在对植物的研究中,不少学者尝试从叶绿体基因组和核基因组中寻找理想的DNA条形码[4-10]。在药用植物DNA条形码研究方面，2007年陈士林课题组率先提出了基于DNA条形码技术对中草药进行了鉴定,2009年生命条形码联盟植物工作组推荐将叶绿体rbcL和matK两个基因片段作为植物DNA标准条形码的核心条形码,同年，在第三届国际条形码会议上，我国陈士林课题组首次提出了“以核ITS2序列为主体，以叶绿体trnH - psbA片段为补充的药用植物鉴定技术”新思路，于是将核基因片段ITS（ITS2）和trnH - psbA片段作为补充植物DNA条形码。人们已经在陆地植物中对50多个基因或DNA片段进行了评价,提出了一些备选的条形码(如matK , rbcL , trnH - psbA, atpF-atpH,YCF5和accD)或条形码组合(如matK + rpoB, rpoC + ndhJ 、rpoC1 + rpoB + matK和rpoC1 + matK + trnH-psbA),其中一些基因(如matK, rbcL)受到了关注或支持,另一些基因(如YCF5和accD)尚未引起普遍重视[11]。
本研究应用近年提出的植物DNA条形码候选序列atpF-atpH对石斛属植物及其近缘种进行研究,分析其系统进化关系及序列差异,建立石斛属的分子鉴别方法。
二、材料与方法`751*文+论]文|网\www.751com.cn
1.材料
1.1石斛属植物实验材料
本研究共有14个物种，包括常见的石斛和珍贵的铁皮石斛。供试材料的编号及采地的
详细信息见表1所示。
表1供试材料
编号 物种名称 拉丁名 来源地
D1 铁皮石斛 D. officinale 浙江
D2 齿瓣石斛 D. devonianum 云南
D3 串珠石斛 D. falconeri 广东
D4 大苞鞘石斛 D. wardianum 云南
D5 短棒石斛 D. capillipes 广东
D6 尖刀唇石斛 D. heterocarpum 云南
D7 金钗石斛 D. nobile 云南
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