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近些年，随着分子生物学的快速发展，从分子和基因水平对乳酸菌进行分类和基因结构的鉴定已成为发展趋势。乳酸菌的当前分类不再不限于一种或几种方法，软他们结合以形成一个组的表型，基因型和作为多级信息系统发生的分类。对于亲缘关系非常相近的乳酸细菌的分类和鉴定，这些分子技术的成功应用，不仅充实和完善了多相分类学，而且对乳酸细菌的研究和生产应用具有实际意义[9]。包括16S rDNA序列同源性分析、随机扩增多态性 DNA 技术(RAPD)、限制片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度多态性分析(AFLP)和基因芯片技术。
1.4 分子标记
分子标记是一种遗传标记，它的基础是单独的个体间的遗传物质内核苷酸基因序列的变异，直接反应了DNA水平上的遗传多态性。分子标记有广义和狭义之分。广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA基因序列或者蛋白质。狭义的分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组之间某种差异的特异性的DNA片段。在这里指的是广义的分子标记，是可遗传的，并可检测的DNA基因序列，当然我们所要检测的不是DNA基因的整体基因序列，而是其中的一部分16s RNA的序列。
在遗传学的研究中，广泛应用的DNA分子标记已经发展出了很多的种类，一般按照所用的分子生物学技术大致可以分为三大类：其中第一类也指的是第一代的分子标记，是以分子杂交技术为核心的分子标记，包括限制片段长度多态性(RFLP)、DNA指纹技术等；第二类即第二代分子标记，是以PCR技术为核心的分子标记，包括随机扩增多态性 DNA 技术(RAPD)、简单基因序列重复SSR、扩增片段长度多态性分析(AFLP)、序列标签位点STS等；第三类则是第三代的分子标记，是一些新型的分子标记，比如说：SNP标记、表达序列标签EST标记等，同样的第三代分子标记也是以PCR技术为基础的。课题中的分子标记主要是以第二代分子标记为主。
1.5 系统进化树
系统发生树（phylogenetic tree或evolutionary tree）是表明被认为具有共同祖先的各物种相互间演化关系的树，又被翻译为系统发育树、系统演化树、系统进化树、种系发生树等名字。 它用来表示系统发生研究的结果，用它描述物种之间的进化关系。
树可分为有根树和无根树两类。有根树是具有方向的树，每个分支上都含唯一的节点，节点被看做树中所有物种的近的共同祖先。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为外群，外群足够接近可能的提供足够的资料，不要太靠近以至于混合树木的种类。无根树是把有根树去掉根形成的。一棵无根树在没有其他信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能确定其树根。无根树则是没有特定的方向的，其中线段的方向就表明了演化的方向，两个演化方向都有可能。
同源性（homology）是比较生物学中的一个中心概念。同源，最基本的意义就是具有共同祖先。一般来说，如果两个物种中有两个性状满足一下两个条件中的任意一个，就可以称这两个性状为一对同源状。在分子进化的研究中，同源性一般指的是两个核酸分子的核苷酸基因序列或两种蛋白质的氨基酸基因序列经过测量后的相似程度。最终测定同源性程度的方法是基因序列分析。①直系同源（orthology）可以反映物种血统上的同源性，即物种进化的历史 ，物种经测定后的基因序列特别的相似，只有些微的不同；②并系同源（paralogy）只反映基因进化的历史；③异同源（xenology）反映的是部分基因进化的历史；④多异同源（paraxenology）它拥有的两个或者更多的外源基因拷贝，这是主要在基因组中与异同源的不同点；⑤部分同源（plerology）由许多不同功能部分组成，而一个基因的组成中包含其他基因的片段。