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基因树是单个同源基因差异构建的系统发生树。因为这种树代表的仅仅是单个基因的进化历史。而不是它所在物种的进化历史。物种树一般最好是从多个基因数据的分析中得到。基因树和物种树之间的差异是很重要的，如果仅仅是为了建立多种类型的等位基因，那大猩猩会和很多人不组合在一起，而不是和其他人分到一起。
同源基因在细菌的系统进化研究中，细菌系统的进化取决于细菌的表型特征，如细胞的形态，代谢型，细胞壁的组成等等源Z自+751+文/论^文]网[www.751com.cn。由于细菌为单细胞生物，不具有高等动植物那样的复杂结构，因此依据表型的细菌系统进化研究常常会产生偏差[10,11]。上世纪的70年代末期，Woese采用核酸编目的方法，证明核糖体小亚基RNA的基因序列是作为系统发育研究的适宜的大分子，并构建了系统进化树。在系统进化树上首次揭示了古菌的存在，并提出了生命的三域学说。然而在上世纪90年代的时候，研究表明基因可以在不同的场种间、甚至原核生物和真核生物之间进行转移，即基因的横向转移，这使得单基因的系统学研究有时也会产生较大的偏差。近年来，随着基因分子的技术发展，在鉴定菌种中16s RNA的鉴定方法发挥着越来越重要的作用，当前主要是以16s RNA作为生物系统发育的分子标记，以16s rRNA的核苷酸基因序列为系统发育的分析和鉴定提供了精确的基础[12，13]，其V1～V3可变区含有几种种属特异性明显的基因序列，适合于进行同源性的分析，但只有进行全部的16s rRNA测序时得出的结果才是最准确的，这是因为：（1）16s rRNA参与了生物蛋白质合成的全过程，它的功能是任何生物体中都不可或缺的一部分，而且在生物进化的历史长河中，它的功能总是保持不变的；（2）在16s rRNA的分子中，同时含有高度保守的基因基因序列区域，还含有中度保守的基因基因序列区域和高度变化的基因序列区域的混合区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘性关系的研究；（3）16s rRNA的相对分子量大小比较适中，适用于基因序列的分析；（4）16s rRNA通常存在于真核生物和原核生物中，所以它可以作为工具对各类生物的进化进行测量。