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摘 要：TCP家族转录因子是一种植物特有的转录因子家族，该种转录因子家族的主要作用体现在分生组织中并且与细胞分化、生长存在很大联系。TCP基因在拟南芥中已有较多研究，而其在单子叶模式植物水稻中的进化和功能还不明确。我们这次研究是采用生物信息学法系统地对水稻基因组中的TCP基因进行鉴定，并且我们还对水稻、拟南芥、短柄草和高粱四种重要的模式物种中的TCP转录因子的进化关系进行了分析。我们采用NJ方法构建了无根进化树。结果显示基本上每一个物种在这些分支上都存在相关基因，表明这些TCP基因的分化要早于水稻、高粱、拟南芥和短柄草这些物种自身的分化。一个基因的表达模式总是和这个基因的功能紧密相关的，因此我们通过生物芯片的数据来综合分析水稻TCP转录因子家族对于不同激素的响应机制。通过对水稻TCP类型基因的全基因组系统性的分析，将促进和帮助关于水稻TCP转录因子家族的克隆和功能的深层次的研究。57366
毕业论文关键词：水稻；TCP转录因子；生物信息学
Abstract: TCP transcription factor is a unique transcription factors family of the plant, it plays a role mainly in meristem and has a intimate relationship with the cell differentiation and growth。 TCP gene in Arabidopsis thaliana have made deep research, whereas its evolution and function in endogen model plant rice is not clear。 Our research adopts the biological information methods to class TCP genes in rice genome。 Besides, we also performed the systematic evolution analysis of TCP transcription factors on four model plants: rice and Sorghum, Arabidopsis thaliana, Brochypodium distachyon。 We seletced the NJ method used to construct the evolutionary tree without root。 Our results showed that each species basically related genes in these branches indicated that these TCP gene differentiation is earlier than the species differentiation themselves。 Generally, genes expression pattern is always intimately related with the function of the gene, thus we through the biochip data comprehensive analysis of the rice TCP transcription factor family for different hormonal response mechanism。 In conclusion, we think that the genome-wide analysis of TCP of plant genes will be benetifical for the further functional analysis of plant TCP genes。
Keyword: Rice; TCP transcription factor; Bioinformatics
目录
1 引言 4
2 材料与方法： 5
2。1 植物TCP超家族转录因子的鉴定 5
2。2 蛋白序列的比对和水稻TCP蛋白系统发生的进化树构建 6
2。3 TCP保守结构域的鉴定和分析 6
2。4 TCP转录因子家族在水稻，段炳草，高粱中的同源性分析 6
2。5 水稻TCP转录因子家族的组织表达分析以及根茎组织对于不同激素的响应 6
3 结果与分析 7
3。1 水稻TCP转录因子家族的鉴定 7
3。2 水稻TCP转录因子家族的进化分析 8
3。3 水稻TCP家族全长蛋白的结构性分析 10
3。4 稻TCP转录因子家族染色体复制分析 11
3。5 TCP转录因子超家族在水稻不同组织中的表达模式分析 13
3。6 水稻TCP转录因子家族的根茎组织对于六种不同植物激素的响应机制
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