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适合草菇栽培的原料广泛，麦秸、稻草、玉米秸、玉米芯、棉籽壳、废棉、杂草、花生壳及栽培完平菇等均可作为栽培基质用于草菇生产。黄瓜草菇轮作栽培模式，一方面可有效改良大棚土壤的结构类型，提高土壤的肥力，增加土壤微生物种群及数量，促进作物的生长，达到增产增收的效果；另一方面也解决了菌糠的存放及污染问题，为农业资源的利用提供了合理的途径。
土壤微生物是土壤的重要组成部分，是土壤有机质和土壤养分转化和循环的主要动力，它参与土壤有机质的分解、腐殖质的形成等生化过程，在土壤生态系统中起着非常重要的作用。研究表明，土壤微生物总量、活性和有益微生物数量多少是判断土壤质量和健康状况的重要指标[4]。尤其是“植物第二基因组”——根围微生物，与植物的健康的息息相关。植物在生长过程中将 40%左右的光合作用产物都通过根分泌到了根围土壤中[5]，从而使得植物根围微生物的种群密度远远高于非根围土壤，这就是“根围效应”[6]。以往的研究多注重于栽培条件的改善，对于菇渣还田主要考虑肥力效果，而对于其生态效应，特别是对于后茬植物根围微生态的影响关注还不够，不能够明确菇渣还田后植物根围微生态结构变化与植物健康之间的关系。