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2.2 水稻WRKY转录蛋白进化树的构建
2.2.1 水稻WRKY蛋白序列的比对
在WRKY蛋白质组中，我们将每一个蛋白质序列与其他蛋白质进行比较，可以将唯一的蛋白质与其他由基因复制产生的蛋白质区分开来，也可以提示出WRKY类蛋白质的家族数目，还可对分析蛋白质的域容量提供依据。对于水稻WRKY全长蛋白的多序列比对，我们通过ClustalW程序进行分析后，再进一步运用WebLogo程序对水稻WRKY蛋白家族特定保守区域氨基酸的保守性进行分析[25]。
2.2.2 水稻WRKY蛋白系统发生的进化树构建
我们利用Mega5[26]软件进行系统进化树的构建和分析。系统发生树的分析时，我们对WRKY蛋白的保守区域运用邻接法（Neighbor-Joining Method，NJ）来建构其进化树，在ClustalW软件的Bootstrap中执行，设置Bootstrap为1000次重复统计。
2.3 水稻WRKY转录因子家族基因的在线分析
我们可以通过MEME程序(Multiple EM for Motif Elicitation)寻找水稻WRKY转录因子家族基因的DNA或蛋白质序列，并对它们进行一定的在线分析[27]。我们也可以在预测稻WRKY基因以及结构域中的保守基序时用到MEME程序。在线程序进行过程中我们要按要求设置参数：(1) 基序重复数量：any；(2) 基序长度：6~60；(3) 预测基序数量：25。
2.4 WRKY基因在水稻，短柄草，高粱，玉米中的同源性分析
对水稻WRKY转录因子在染色体上复制分析时，我们主要通过植物基因组复制数据库进行分析（PGDD）[28]。WRKY家族在水稻染色体上的复制情况我们通过MapInspect (http://www.dpw.wau.nl/pv/pub/MapComp/)进行构建。来~自^751论+文.网www.751com.cn/
2.5 水稻WRKY基因组织表达的分析及其在根茎组织中对不同激素的响应
我们在分析水稻WRKY转录因子在不同组织中表达情况时是利用水稻基因芯片中的数据（http://ricexpro.dna.affrc.go.jp/data-set.html）来综合分析的。我们选取的组织部位可以是叶片和叶鞘、根、茎、穗、花药、雌蕊、外稃、内稃、胚珠、胚和胚乳等。我们把WRKY转录因子在不同组织中的表达情况运用Cluster程序(http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/ software/cluster/software.htm)进行层次聚类分析，得到的数据结果又利用TreeView(http://jtreeview.sourceforge. net/)软件进行可视化显示[29]。
为了进一步研究水稻根茎组织对于不同激素的响应，我们从水稻基因芯片数据中，获得水稻根茎组织对于Abscisicacid (ABA)，Gibberellin，Auxin，Brassinosteroid，Cytokinin和Jasmonic acid (JA)六种不同激素的表达数据，运用同样的方法，进一步将数据进行层次聚类分析，其数据结果也进行可视化显示。