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雷等[16]将从水产养殖水体及底泥中分离出一株枯草芽胞杆菌RG，施放于南美白对虾养殖池，结果表明，亚硝酸盐、池水的COD值、H2S浓度比对照池有显著降低，而总碱度显著上升。证明施放所分离的枯草芽胞杆菌RG，能有效改善水质，去除水质中的H2S。
1.4.2 枯草芽孢杆菌作为饲料添加剂
枯草芽孢杆菌作为水产微生物饲料添加剂的菌株，在生产中的应用比光合细菌、硝化细菌、乳酸菌等菌株晚。随着近几年在水产养殖中的应用实践，芽孢杆菌类微生物饲料添加剂充分显示出以下几方面优势：（1）稳定性好、抗性强，具有耐高温、耐酸碱、耐挤压等特点，在工业生产制粒过程中以及通过养殖动物酸性胃环境是均能保持高度稳定性。芽孢一旦形成，便能耐受各种不利条件，如干燥、湿热、紫外线、强酸、强碱、有机溶剂、真空干燥、氧化作用；（2）能产生文生素等营养物质；（3）储藏过程中以修眠孢子形式存在，不消耗饲料的营养成分，保证饲料品质；（4）芽孢随饲料进入肠道后，能够在肠道上迅速复活，且复活率高，几乎达到100%；（5）复活的孢子能够产生多种酶类，有助于降解植物性饲料中某些复杂的碳水化合物，从而文持养殖动物肠道生态平衡；（6）抑制病原菌繁殖，促进有益菌生长。
1.4.3 枯草芽孢杆菌在农业中的应用
由于枯草芽孢杆菌能够分泌大量的抗生素，能够杀灭一些动植物中常见的病源菌，而且其分泌大量酶对牲畜有益，所以枯草芽孢杆菌常用于农业中(如饲料、养殖、生物农药等)。
例如在农作物病虫防治中的作用。因其对环境、生态和人类健康安全的优点，受到各国政府的广泛重视，并发挥着越来越重要的作用。王益民[17]将枯草芽孢杆菌和苏云金芽孢杆菌进行细胞融合获得了具有抑菌杀虫作用的融合子CFl03，田间试验结果显示，CFl03能兼治水稻纹枯病和稻纵卷叶螟，对照区病情指数为49.8％、虫害率为41.5％，而防治区分别为0％～36.9％和1.7％～12%。此外，枯草芽孢杆菌的一个亚种—纳豆枯草芽孢杆菌(Bacillus Sublitis Natto)是我国农业部公布的12种可直接饲喂动物的饲料级微生物添加剂之一[18]。能在肠道内生长，分泌各种酶和文生素，促进胃肠道各种消化酶活性，促进小肠黏膜细胞的增殖，并具有抑制肠道内有害菌的作用。犊牛直接饲喂纳豆枯草芽孢杆菌对增强犊牛机体免疫和促进胃肠发育具有良好的效果[19]。
1.4.3 枯草芽孢杆菌在医药方面的应用
枯草芽孢杆菌能够分泌多种酶，其中能够应用到医药领域的酶主要有丝氨酸纤溶性蛋白酶(即纳豆激酶)和脂肪酶两种。此外，我国的豆豉纤溶酶和韩国的大豆发酵食品中分离的纤溶酶也都是枯草芽孢杆菌分泌的丝氨酸纤溶性蛋白酶的一种，只是发酵用的菌株有些细微差别。
1.4.4 枯草芽孢杆菌在工业酶生产中的应用
工业酶的生产是工业微生物发酵的重要组成部分。据来自BBC的统计数字，2004年全球酶的交易额达到20.0亿美元(15.3亿欧元)，其中食品酶占29％，饲料酶占15％，一般的工业酶占56％。枯草芽孢杆菌是当今工业酶生产应用最广泛的菌种之一，据不完全统计，枯草芽孢杆菌所产的酶占整个酶市场的50％。由于其产酶量高、种类多、安全性好和环保等优点，在现代工业生产中被广泛用作生产菌种，其发酵生产的酶已在食品、饲料、洗涤、纺织、皮革、造纸和医药等领域发挥着十分重要的作用。
1.4.5 枯草芽孢杆菌在生物防治领域中的应用
枯草芽孢杆菌作为植物病害生防细菌之一，具有较强的防病作用。我国利用枯草芽孢杆菌防治植物病害的应用研究已经达到了世界先进水平，现已成功开发并投入生产的商品制剂有亚宝、百抗、麦丰宁、纹曲宁等产品。其中，江苏省农业科学院植保所选育的枯草芽孢杆菌B-916对水稻白叶枯病菌有良好防效。南京农业大学开发的生防菌B3(麦丰宁)对小麦纹枯病田间防效达50％~80％。云南农业大学和中国农业大学共同研制的微生物农药“百抗”已在农业部登记注册，并在多个省推广使用，其有效成分是枯草芽孢杆菌B-908，大田应用中对水稻纹枯病防效达70％以上。另外，由陈延熙等研制的增产菌已在全国10多个省、市的50余种作广使用，主要用于防治水稻稻瘟病、小麦纹枯病和油菜菌核病等，田间增产率达10％~50％，“增产菌”成为我国第一个生物制剂方面的专利，达到国际领先水平。