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用于检测微囊藻毒素的方法有很多，例如生物分析法、细胞毒性检测法、酶联免疫吸附法（ELISA）、高效液相色谱法（HPLC）、毛细管电泳法（CE）、蛋白磷酸酶抑制法等，这些方法都有各自的优点，但又有不同程度的缺陷性.生物检测法不能区分微囊藻毒素的异构体，工作量很大；细胞毒素检测法的灵敏度较低；高效液相色谱法的预处理过程繁琐，设备昂贵；CE法的重现性差；蛋白磷酸酶抑制法不能区分特异的毒素同系物，且后处理困难。
高效液相色谱法（HPLC）是最常用的微囊藻毒素分析方法之一。自然界中微囊藻毒素常以痕量形式存在且干扰物质较多，所以色谱检测前必须先将样品通过萃取、吸附、富集等预处理，净化洗脱，再将洗脱液进行HPLC色谱分析，经检测器检测，将样品色谱图的保留时间和峰面积与标准品比较，从而进行定性和定量。HPLC检测微囊藻毒素-RR主要使用的检测器有紫外（UV或VWD）、荧光（FL）、化学发光（CL）、二极管阵列（PDA 或DAD）等，最常用的是紫外和二极管阵列检测器。微囊藻毒素-RR是一种环状多肽，其共轭双键在238 nm下有最大吸收，故可通过紫外检测。紫外检测器成本较低，但微囊藻毒素各种异构体之间的特征吸收很接近，也就是说，紫外检测器在识别微囊藻毒素过程中存在相互干扰的缺陷，影响测定准确度；另外如果有其他物质伴随微囊藻毒素一同洗脱出来，其单波长吸收峰就会受到干扰。二极管阵列检测器比单波长紫外检测器分辨率高（它有一个特定的光谱吸收范围，通常是190nm～280nm），噪音低，线性范围宽，其缺点是流动相的选择有一定限制，流动相的截止波长必须小于检测波长。
HPLC可以对微囊藻毒素-RR进行定性和定量，是了解微囊藻毒素-RR化学性质甚至结构的重要手段，但是它对高纯度标准品高度依赖，而由于技术的限制，商业用标准品又非常有限，这就限制了HPLC测定微囊藻毒素-RR的发展。
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