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元朝定都大都，大都的周围的粮食供应和前代都城难以相比，因此，对南方的粮食需求明显增大，运输压力陡增，在这样的压力下，元朝对大运河进行截弯取直，从东平到临清开会通河，临清至天津开南运河，天津到通州开北运河，最为重要的是从东平至临清开会通河，这样一来原本由淮安西运至洛阳的粮食现在可以直达山东而后运至京城。然而，“河道运输历岁既久，弊日以生，水旱相仍，公私俱困，疲三省之民力，以充岁运之恒数，而押运监临之官，与夫司出纳之吏，恣为贪黩，脚价不以时给，收支不得其平，船户贫乏，耗损益甚。兼以风涛不测，盗贼出没，剽劫覆亡之患”。 为了缓解这种困难局面，元朝单独运用海运，“岁漕东南粟，由海道以给京师，始自至元二十年，至于天历、至顺，由四万石以上增而为三百万以上，其所以为国计者大矣”。 因此其管理方式以行泉府司专掌之，把江淮漕运司合并于海船万户府，河运的管理机构至此停止作用。而海运一直实行到会通河的再次畅通。
其次，封建政府对漕运的重视程度，一朝政府对漕运越是重视，其制定的漕运制度也就越是完善，对管理人员的设置也越到位。京师皇室人员的消费、军队作战的粮食供应，都依赖于漕运，因此，漕运堪称关系到国家财政大计的一项事业，历代对漕运的重视程度不同，这一点首先反映在漕运规章制度的设立中。漕运规章制度始创于唐朝，唐政府创设江淮、河南转运都使管理漕运，除了用转运使保障运输外，唐朝在安史之乱的打击下，任用理财能手刘晏为度支郎中兼御史，给其改革漕运的全权，他的改革范围涉及运法、运输民工等。发展到宋，漕纲既定，在常州设江浙、荆湖、广西、福建路都转运使司，专门承办漕运事务，并制定了严格的漕运法令，对漕船容量、漕运时所遇问题的解决办法、漕船停靠的时间、船工管理办法、人员任用尺度、漕粮干湿程度等都做了具有可行性的标准性规定。换句话说，宋代的漕运已进入标准化作业状态。宋朝的转运使司，职权在掌握一路或数路财赋之外，还兼领考察地方官吏、文持治安、清点刑狱，举贤荐能等职责。宋景德四年（1007）以前，转运使的职权开始扩大，并且实际上已经成了路这一行政区划的最高行政长官。由以上两朝的漕运管理人员设置来看，一个王朝越想保障它的粮食供应，文系财政稳定，就越会给予漕运人员以更大的职权，其职权往往超越了漕运本身的需要。
二、明代漕运督理职位的设置及演变
明王朝处于中国封建社会的末期，对前代的制度多所继承，又多所创新，用以上两个因素来考查，可以对漕运总督设置的原因有一概括。按，明朝在设置漕运总督前，已经设置具有总管漕运性质的漕运总兵官，且总兵官属于本文所讨论的职权转变的起点，因此漕运总督的设置也要从漕运总兵官的设置谈起。
在主要运输路线的变迁上，明朝分为两个阶段。第一阶段为河海兼运时期。朱元璋初建明朝，定都南京，此乃长江三角洲富饶之地，对粮食供应自然不必担忧，运河南段的运量已经可以满足宫廷消费。此时需要粮食的另一地点在于北方和辽东的驻军。辽东驻地产粮无法满足自身需求，因此通过海运为驻军提供粮食。元朝灭亡后，残余势力北逃，虽未成一对峙政权，但历史上仍称之为北元。为了消灭北元势力，成祖朱棣将都城北移至北京，政治重心随之向北移动，此时辽东军屯发展完善，辽东的军饷已较为充足，原本由海路运去的粮食需求量逐渐减少，但京师的粮食需求还是不能得到满足，故海运还没有废止。“永乐元年纳户部尚书郁新言，始用淮船受三百石以上者，道淮及沙河抵陈州颍岐口跌坡，别以巨舟入黄河抵八柳树，车运赴卫河输北平，与海运相参”， 即开始河海兼运。