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文新派大力推荐进行科举改革，也提出了各种措施，这些为戊戌变法时期的改革奠定了理论基础。而清政府在文新派的大力呼唤下，除了对科举制进行改革外没有别的办法了。清政府的主要改革提现在废除八股、改策论和开经济特科等方面。废除八股、该策论在当时社会引起了强大的反响。当文新派请废除八股的时候引起了保守派的强烈的反对，他们认为那些以八股考试为生业的学者会失去安身立命之业。八股废除了百姓的思想也开始解放。戊戌变法运动失败后顽固派恢复了八股取士制度，虽然顽固派恢复了八股制度但他们无法恢复百姓思想上对八股制度的看法。
开经济特科的设立对八股制度的一种强烈冲击。在一定程度上经济特科改变着八股制度的政治地位，为八股制度在私下挖墓。因为八股制度和经济特科在指导思想方面是对立的。经济特科在具体利益方面对八股士子构成了严重的威胁，所以经济特科刚上台同样手打了顽固派的强烈反对，并成为了阶级斗争的热点。
虽然经济特科在顽固派的政治变动下停止了，但它在新式学堂的创办和旧教育制度的改变起到了的不可忽视的作用。虽然经济特科在科举制度的高歌上起上了作用但在社会的影响没有得到有效的作用。因为在当时的顽固派的势力大，经济特科一上台旧引起了顽固派的强烈的阻碍，在政治上得不到完全的保护，因为新事物人民认识不到经济特科的实际作用。
1898年9月21日，以西太后为首的顽固派发动政变，沉重打击了文新派的所有变革，戊戌变法运动失败了，同事科举制恢复原状，戊戌变法时期的科举改革遭到了破坏。
1900年八国联军对华发动了大规模的侵略战争，第二年清政府又次在外国侵略者的逼迫下签订了不平等条约“辛丑条约”大大加深了中国的半殖民地半封建化的性质。清政府完全的成为了“洋人的朝廷”。民族危机日益加深，救亡图存成为时代的最强音。这样的威迫下废除科举的必要性日益加剧。而这时候清政府与时代要求反行迫不及待的恢复了科举考试。因为科举制度是为清政府提供新的官僚阶层的一个重要的途径，科举制度为了文护封建官僚制度在扮演着重要的角色，从而科举考试在各省开始次地恢复。清政府力图挽救统治才进行了新政，并对科举制度进行了部分的改革。1901年8月28日发布诏书规定，1902年开始废除八股、改策论重开经济特科。但当时通过这种方式挽救国家是不可能的，当时资产阶级新力量出现在各地散播资产阶级的思想，人民的思想也开始改变的，这个时候清政府的灭亡是历史的必然趋势。与历史的不发没能同步的任何事物最终会淘汰的。
后来张之洞等人主张递减科举，计划用十年的时间来废除科举。1905年，张之洞、袁世凯等人提出立即停止科举的建议，并被清廷批准，科举制度走到了的尽头。
二、 科举制的废除原因
首先，考试内容的单一带来了思文僵化
科举考试最大弊端，科举考试的内容的僵化。科举考试重视儒学，轻视形而下的技艺。因为儒家观念体系的复杂性和不确定性，权力阶层把传达儒家观念的标准解释，通过科举考试来实现成为了有效的途径。科举制度发展和培育迷信的应试文化，读书人不愿意独立思考也不会有理性判断。科举八股取士试题出自四书，学者按四书五经的圣贤立言，具有很大的局限性。明清取士，以科举为重，而科举的内容以八股为主，于是教育开始围绕着如何教八股文与如何做八股文上运行。明清时期八股取士的出现，严重束缚了学者的思想和才华，从而导致了知识分子思想麻木，思文僵化。