诸大臣与宦官的在后来的争斗中,刘谨等人反败为胜,刘健、谢迁无奈被迫辞职,“南京给事中戴铣等、御史薄彦徽、蒋钦等疏留刘健诸臣。劾太监高凤从子得林冒升锦衣卫指挥佥事,兼言晏朝废学游宴驱驰射猎非体。忤旨。尽逮铣等三十人入京”[ ],顾命大臣几乎被洗荡一空,只有李东阳还坚持在朝堂之上。新兴宦官势力取得胜利后,“帝悉以天下章奏付刘瑾”[ ]。以刘谨为首的宦官集团获得了极大的权力,开始独断专行,滥用权力打压报复异己势力,从此朝政混乱,不复弘治中兴的景象了。
由于武宗时期宠幸宦官、边将、酷吏、伶官、僧人等,这些人对武宗极尽阿谀之事,谄媚求宠,逐渐引诱武宗堕落,使得君臣矛盾日益突出。由于武宗违背礼法的行为,嬉戏和荒于政事,社会出现了的巨大的动荡,农民起义不断,藩王谋反。