明太祖定都应天府后，为防止元残余势力对北方的侵袭，而采唐、宋的河运和元的海运相结合，来保证北方物质的运输，“又因海运饷辽有溺死者，遂益请屯政，天下卫所州县军民事垦辟矣”[1]（p1884），于洪武三十年（1397）九月罢黜。明成祖即位后，施行了海陆兼运，即海运和河、陆两运。海运风险较大，随时会威胁到护送漕粮的官员的生命安全，并且漕粮的供应也难以得到定时定量的保证，而陆运更是费时、费力且不经济，其实效性大大降低，使得河运逐渐盛行起来。永乐十三年（1415），正式地罢黜海运，行河运，至永乐十九年（1421），明成祖迁都北京，远离经济重心，漕运制度得到进一步发展。

（一）总漕的设置

漕运总督是负责漕粮运输的官员，明朝初年，出于战争原因，负责漕粮运输的官员多为武官。洪武年间，还设置过由漕运使来管理漕运，但未延续下去，到永乐二年设漕运总兵官后，也就由其兼理，其职责以护送漕粮为主，任职官员以武官居多。漕运总督的正式设置是在景泰二年（1451），简称为总漕，首任者为王竑，驻于淮安，与漕运总兵官及参将共同处理漕务，并与总漕在每年十一月一同上京，商议第二年漕运事宜。[1]（p1922）总漕在地位上与总兵是平等的，但之后逐渐超越了总兵，同时由于漕运的军事管理性质减少，任职官员也转变为文官居多，由于明朝文官集团的巨大影响，对漕运体系的发展起了很大的作用。

总漕的职责并非简单地仅是对漕运的管理，还具有多重身份，究其出身和任职情况来看，类似于文官的任职情况。首先，担任总漕的官员，都是由科举考试入仕的，在他们担任漕运总督之前，担任的官职多为各部侍郎，如吴桂芳、杨一鹏等人。[2]（p47-48）其次，总漕的任期也较为稳定，多为两年一换，且具有地方性职能。对河道的兼理也是总漕的职责之一，在王竑任总漕时，兼理通州至仪真一带河道，此后兼理河道之权渐转归总漕。只有遇到重大的河患治理工程，朝廷才会另派重臣总领。因此在总河设置后，两者就漕河的治理问题，产生争论。