一期工程开通的线路包括1号线（世界之窗－罗湖）和4号线（福民-少年宫）。由于涉及与香港接驳方面的问题，皇岗站在一期工程完成时并未启用，直至2007年7月1日方启用，此时离香港回归已经过去了十年。自8月15日福田口岸开通后，地铁乘客便可通过口岸检查，在香港境内的港铁落马洲站转乘东铁线或其它交通工具前往香港各区。2008年8月15日，皇岗站更名为福田口岸站。（如图1）
 
图1 一期工程开通时的深圳地铁线路（不含皇岗站）
深圳市规划局在2008年4月23日宣布，深圳地铁线路将由数字名称更改为文字名称。但在2013年1月，网络上曝出深圳地铁集团内部文件，指地铁三期工程会把线路名称全部更改回数字，更指多数市民赞成采用更便于记忆的数字命名方式，不赞成采用中文命名。1月5日，深圳市轨道交通建设指挥部第十八次工作会议研究承认了这个消息。但实际上市民普遍表示不满，指政府“朝令夕改”。若将文字线路名称更改回数字，可能与站台编号混淆。
2013年10月，深圳地铁正式开始路线更名工作，首先将1号线一期工程车站的站台横幅上的线路名改回数字名称，文字名称以括号标注其后。更改前后名称对照如下：
现名称    1号线
2号线
3号线
4号线
5号线

2008年4月至2013年10月    罗宝线    蛇口线    龙岗线    龙华线    环中线
2.2.2 二期工程（2007-2011）
2004年地铁一期通车后，深圳地铁网络没有立即继续扩展。2003年深圳市即编制了《深圳市城市轨道交通建设规划》（2005一2010年），提出二期工程包括1号线续建段（世界之窗 – 深圳机场），4号线北延段（少年宫 – 清湖），2号线初期工程（世界之窗 – 蛇口港）、3号线初期工程（红岭 – 双龙）、5号线。该建设规划于2005年3月获得国家发改委批准。但从2004到2007年，由于官员对地铁建设重视不足，以及拆迁受阻、前期工作落等原因，深圳地铁的建设工程基本停止。在接近三年的时间里，没有任何线路建设或开通。仅有1号线续建段试验段（世界之窗到深大站）缓慢进行。试验段由一期终点站世界之窗站至深大站，包括三座新建车站，于2009年9月28日开通。
2007年1月17日，深圳获得2011年世界大学生夏季运动会的举办权。深圳市在申办报告中承诺于2010年将建成155公里的地铁干线，其中包括作为“大运专线”的3号线。2007年1月底，“加快全市轨道交通建设暨交通综合治理工作动员大会”召开，时任市长许宗衡对深圳地铁建设速度缓慢提出严厉批评。随后，深圳市政府与各有关部门签订责任状，要求地铁二期工程5条线必须在2011年6月30日前全部建成通车。
2008年，新的《深圳市轨道交通规划》方案问世，轨道二期工程各条线路及交通枢纽的详细规划同时展开。在原规划的基础上，二期工程增加2号线东延段（世界之窗-新秀）和3号线西延段（红岭-益田）。2007年下半年至2008年初，深圳地铁二期工程各条线路陆续开工，其中部分线路更是在获得国家批准前开工。2008年10月，国家发改委印发《国家发展改革委关于深圳市城市快速轨道交通建设规划(2005-2011)调整方案的批复》，同意深圳地铁二期工程的更改，并将建设期限延长至2011年。2010年12月28日，2号线首通段（世界之窗-蛇口港）和3号线高架段（草埔-双龙）率先建成营运。2011年6月，二期工程的五条线路相继全线开通运营：1号线续建段6月15日开通；4号线二期6月16日开通；5号线6月22日开通；2号线东延段和3号线西延段6月28日开通。在两周的时间内，深圳地铁的运营里程从64公里增至177公里。 深圳地铁一号线续建工程变形监测分析(3):http://www.751com.cn/gongcheng/lunwen_17334.html