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1、 在涉及第三人合法利益的情形下，应认定法律物权优先于事实物权。
法律物权与事实物权的冲突本身是属于当事人双方内部的矛盾，作为该内部关系之外的第三人，只需要以法定的具有极高可信度的公示情况（即登记和占有）进行了解，没有义务了解当事人双方的物权合意内容，因而其冲突后果应该由物权争议双方承担，而非第三人承担。况且，第三人与事实物权人并没有直接的法律关系，所以事实物权人不能以自身意志强加于第三人。如果硬将后果附加于第三人之上，那么必然损害第三人利益，并增加第三人在交易中的审查义务与负担，增加交易成本，使整个社会陷入不可信、不敢信的状态。所以，当法律物权与事实物权之间的冲突涉及到第三人的利益时，必须首先保护第三人利益，即奉行物权公示原则，认定法律物权优先于事实物权。而事实物权人只能请求给自己利益带来损害之人负担法律责任，具体而言是指向原法律物权人或有过错的登记机关。
2、 在不涉及第三人合法利益的情况下，应认定事实物权优先于法律物权。
由于不涉及第三人合法利益，事实物权与法律物权作为本应一致的权利而在事实上发生冲突时，司法上必须要解决的就是如何保护真正的物权人，即事实物权人。因为法律物权与事实物权的冲突，带来的是真正的物权人却没能获得法律上认可的权利资格，其所事实享有的物权不能进行正常交易，那么真正权利人处分权的部分缺失意着其享有的物权是不完整的。实践中，事实物权人可以享有异议抗辩登记请求权，即对法律物权正确性进行质疑性的登记，异议抗辩登记作为一种正式的公示方式，可以排除法律物权之变动。另外，由于登记机关的过失造成的事实物权与法律物权的冲突，那么登记机关有义务在自行审查或者在事实物权人请求下变更登记，使法律物权与事实物权统一。
总的来说，在物权公示原则下对于事实物权与法律物权的认定与保护并不是绝对的，在不涉及第三人合法利益的场合，过分保护法律物权而忽略事实物权是有失公平的，而在涉及第三人合法利益的场合，应该首先承认物权公示的正确性的推定，以保护第三人利益，再解决事实物权人与法律物权人的利益冲突。物权公示制度的变动宣示功能，对于保护第三人的合法利益，文护交易秩序，具有重要的安全价值。第三人对于信赖公示而为的交易，受到法律的保护，无疑有助于交易安全 。
二、物权公示原则下的举证责任分配
如前所述，物权公示原则具有权利正确性推定效力，即通过物权公式情况来推定物权的归属。具体而言就是以不动产登记人为权利人，以动产占有人为权利人等。《德国民法典》第891条规定：“(1)在土地登记簿中为了某人登记一项权利的，应推定此人享有该项权利。(2)在土地登记簿中注销一项权利的，应推定该项权利不复存在”。我国台湾民法第943条规定：“占有人于占有物上行使之权利，推定其适法有此权利。”物权公示原则所具有的证据意义在于其与证明责任的联系。 所谓证明责任，即当事人因要件事实真伪不明而依法承担的败诉风险负担，物权公示原则通过权利正确性推定在实质上进行了证明责任的配置。物权公示原则的权利正确性推定是一种法律推定，即法律从已知事实推论未知事实所得出的结果。 正是由于公示物权即法律物权具有推定的正确性，在司法实践中，法律物权人可以以物权公示的事实摆脱对该权利正确性的举证，而其他人要否定这种推定，就要负担相关的举证责任，也就是说，物权公示的权利正确性推定免除了权利人的举证责任的同时，也增加了其他人的举证责任。由于事实物权没有法定的公示形式，所以法律无法推定其权利的正确性，因此，权利人只能按照“谁主张，谁举证”的规则为其存在提供正当性的支持，而且这种举证责任不能得以免除。