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如果说能动司法理论体系的建构是为了指导实践，那么现阶段百家争鸣的理论研究还远远达不到指导实践的要求。目前，我国对能动司法的探究还仅仅停留在初级阶段，各种理论研究在碰撞中缓慢融合，形成一个公认并全面的理论体系还需要漫长的过程。可是，就是在一背景下，能动司法已然作为一项司法政策推出并运行。一方面是尚未成熟的理论研究；一方面是全面开展的实践探索，这便是能动司法在中国司法改革中的现实状态。我们不能断言这一现状下的能动司法将无法完成中国司法所赋予的使命，然而可以预见的是，缺乏理论基础做支撑的能动司法必将在曲折中步步文艰。
（二）自身缺陷：能动司法内在基础性矛盾分析
１、能动性的过分强调与司法本质之间的矛盾
当下中国正进入一个多文的、全球化时代的转型时期，社会价值观走向多元，社会利益冲突加剧，一些社会深层次的矛盾也逐渐凸显。“为应对社会转型期各种复杂的社会矛盾，法院应当抛弃司法中立、被动的原则，以积极的姿态主动介入社会，以达到解决、化解和预防矛盾的目的”[ 宋炉安：《能动司法体现司法的大局意识》，载《法制日报》2009年8月31日，第2版]。可见，能动司法的提出，深刻反映了当下中国司法届对转型社会各种需求的仓促应对。然而这种过度强调能动性的做法，与司法被动性的本质相矛盾。
司法的被动性作为司法本质的重要组成部分，几千年来一直在司法运作和实践中被严格秉持和恪守。法国著名政治思想家托克文尔（Tocqueville）在《论美国的民主》中明确指出，司法的被动性作为司法权的一个重要特征，在司法过程中有着不可动摇的地位。“从性质上看，司法权不是主动的。要想使它行动，就得推动它。向它告发一个犯罪案件，它就惩罚犯罪的人；请它纠正一个非法行为，它就加以修正；请它审查一项法案，它就予以解释。但是，它不能自己去追捕犯罪、调查非法行为和纠察事实。如果它主动出面以检察者自居，那它就有越权之嫌。[ [法]托克文尔；《论美国的民主》（上卷），董果良译，商务印书馆2003年版，第110—111页。]”司法的被动性作为司法的本质属性，最大限度的保证了司法过程中的公平、平等，为法院的公正裁决创造最基本的又条件。我国能动司法强调法院和法官积极发挥能动性，顺势而行，主动介入司法裁判过程，这与司法的被动性本质相矛盾。这种做法也许在一定程度上可以缓解当前激烈的社会矛盾和纠纷，但从长远来看，这种举措会使中国的法治之路越来越窄，并逐渐消解法治，最终造成无法挽回的后果。“当然，伴随而来的就是法律的权威就会失去，接着由法律所建构的秩序就可能面临灭顶之灾。[ 陈金钊；《“能动司法”及法制论者的焦虑》载《清华法学》2011年第3期。]”能动司法作为辅助法治的手段，应严格恪守司法被动性的本质，而不能过于强调能动性，与司法的本质相违背，以破坏法治为代价。
2、政治理念强行植入与司法规则之间的矛盾
以政治性司法理念推动司法建设是这一阶段司法改革的一个显著特点，伴随着中国特色社会主义法律体系的建构和形成，能动司法自提出之始就担负了服务大局的政治使命。最高人民法院院长王胜俊曾指出：“我们所讲的能动司法，简而言之，就是要发挥司法的主观能动性，积极主动地为党和国家工作大局服务，为经济发展服务。[ 王胜俊：《坚持能动司法 切实服务大局》，2009年8月28日在江苏高院调研座谈会上的讲话。]”这一植入政治理念的能动司法，要求法官在司法过程中突破原有的司法规则，运用法律外的因素解决法律问题。而严格恪守司法规则是文护法律权威、实现法治的基本要求，以政治性话语干涉司法裁判，只会延缓法治的发展。