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那么，如何适应当前日新月异的经济发展水平，与物价变动、工资调整和经济政策等相一致，与此同时为机关事业单位退休人员提供基本的生活保障，这些已成为养老金并轨不可避免的基本问题。事实上，并轨后的养老金计发亟待建立基本养老金的动态调整机制，参考当年当地的物价水平、平均工资水平与CPI指数等，顺应时代发展的趋势，满足时代发展的水平，这需要投入更多的人力、物力与财力去统计数据与制定标准。因此，更好地适应经济发展状况，将成为机关事业单位养老金并轨后计发养老金的难点之一。
（二）改革达成统一同步的制约
“五个同步”的改革思路强调的是改革过程中的全面性、系统性以及协调性，并且注重平衡各种各样方方面面的利益关系。从这一点说，“五个同步”的改革思路是进步的和科学的。然而，在具体操作时，完全实现“五个同步”困难重重。
首先，为了使我国的不同地域之间不要出现“先改还是后改”的利益冲突，降低改革的冲突和阻力，《决定》作如下规定：要在全国范围内同步实施养老制度的一系列改革。但是，事实上，我国地大物博，共五十751个民族，地区之间发展不平衡，即使原则上要求各省、直辖市和自治区同步进行养老金并轨，但基于各自经济发展水平、政治文明程度、机关事业单位人员素质以及民众不同需求或者方案接受程度等实际情况的不同，养老金并轨的一系列改革方案推动是很难完全实现统一同步的。
其次，基本养老保险制度与职业年金的同步建立，是为了优化养老体系结构的同时保持待遇水平总体不降低，按照基本养老保险单位缴纳20%作为统筹部分，个人缴纳工资的8%进入个人账户，养老金替代率不会超过60%。这与养老金并轨前机关事业单位人员80%至95%的养老金替代率相比较，其间的差距是很明显的。因此，作为机关事业单位人员补充养老保险的职业年金，在提高养老金替代率，推进养老金并轨在机关事业单位人员内心的接受度和认可度方面，就显得尤为重要。但是，职业年金的建立和完善是一个过程，尤其在缺乏历史经验的背景下，迅速高效地建立一个符合国情的规范化、效益高的职业年金制度，更需要与之配套的市场监管法规等相关配套措施的颁布。而基本养老保险制度有城镇职工的较为成熟的历史经验，从技术层面看难度不大。所以，职业年金制度与基本养老保险制度相比，是具有一定滞后性的，难以真正实现同步。
（三）改革实现各方满意的制约
中华人民共和国国务院发布的《决定》规定：改革应遵循这样一个原则，即：公平与效率相结合。目前，大众普遍认为的“降低机关事业单位养老保险的标准，与此同时，将其与企业拉平，从而解决事业单位养老保险金高于企业职工的显失公平的问题” 的改革方案，这是希望缩小机关事业单位与企业职工的养老金待遇明显的差距，并且能够以机关事业单位养老保险制度改革为抓手，从而逐步实现机关事业单位与城镇职工养老保险制度的统一，以达到减少社会公众的不满意的目的，实现养老金并轨的最终目标。但是，推行养老金并轨改革会使还没有退休的机关事业单位人员的直接利益受到损害，尤其是对于这部分“已经具备在未来退休时可以享受到比较高的退休待遇或养老金水平的人员一时很难认可并接受让他们的退休待遇大幅降低的改革” ，因而，从这个角度看，养老金并轨势必触动一部分公职人员的既得利益。即使在这项改革中提出了过渡养老金的方案，但在短期内无法将其养老金待遇与改革前的待遇完全保持同一水平。因此，养老金并轨改革中又一难以突破的难点就在于：如何在让城镇职工退休人员满意与使机关事业单位人员感到公平这两者间获得平衡。