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在大多数大学生创业型小微企业中，其管理者也基本是自己或其合伙人，基本上也都是在校或已毕业的大学生，他们经验不足，还没有形成战略眼光，大多追求短期利益，较为看重的是资产的增值，认为人力资源管理部门属于花钱的部门，不能够产生效益，不愿把资金和资源投入到人力资源管理方面，也忽视了对员工的科学管理，将传统的人事管理当做现代的人力资源管理，将员工看作是企业的成本，很少将员工看成是企业赖以生存和发展的财富。
（二）企业缺乏相应的人力资源管理方法
无论是大企业还是小企业，或者小微企业，管理手段的运用都是非常重要的，但是当前，大学生自主创业型小微企业的人力资源管理工作却缺乏相应的管理手段或技术支撑。一个企业的人力资源管理技术或方法是否恰当，可以直接关系到这个企业员工和谐、努力、忠诚度以及营运水平的高低。在大多大学生自主创业型小微企业中没有人力资源部，也没有专职的人力资源管理人员，一般情况下都是老板亲力亲为，什么事都是一个人决定，一个人做，缺乏相应的机制和管理规划，管理技术不科学，管理方法不得当。管理只是用传统的奖惩，反复而单一的做法只会让员工感到疲倦，甚至无所谓，忽视了激励等新型而有效的管理手段。
（三）人力资源管理存在多头领导，责权不明
人才选拔是企业吸纳新鲜血液、补充企业员工的重要途径。然而在选拔人才时，大学生自主创业的企业却存在着领导职责的不明确的问题。比如说，这些大学生自主创业的小微企业在招聘或选拔一个人才时，没有明确的规定谁负责招聘或选拔人才，所以有事只要其中一个领导说你可以，那么你就可以来上班了，相应的这也给企业埋下了很大的隐患。因为事先没有对所招聘或选拔的人才进行专业的测评，所以不确定招来的这个人一定是公司所需要的人才，还有，这个人可能满足了这个领导的要求，但是这个公司的领导并不是一个人，这就牵涉到了中国特有的企业合伙人的问题。大学生自主创业由于资金的问题，大部分都是合伙创业，所以企业中的招聘或选拔的渠道存在着一些误区，只是一地借助媒体或通过熟人介绍解决企业人员需求问题，没有科学地选择招聘或选拔渠道，也没有专门负责这一模块的人员。
当招聘或选拔人员确定后，开始进入工作状态。对于大学生自主创业型小薇企业，由于规模很小，它们可能根本就没有专门的人力资源部，只有老板员工，所以当新员工进入到公司后，会出现这样的情况：你正在这做着领导给你安排的工作，这时另一领导也许突然就会叫你，某某去把这个做了，你赶快去做，因为他是领导，可当你还没做完呢，又一领导又说，某某，去把这份材料整一下……可能你忙了一天，但最后领导还是不满意，因为领导交代的事你做的不够快不够好。这就是大学生自主创业管理的弊端，多重领导，责权不明确。
（四）一人多责，人力资源管理模块混乱
很多大学生自主创业型小微企业由于规模小人员少，所以很多都是一人多责。比如说，有的既负责行政又负责招聘，有的既负责财务又负责绩效和薪酬，还有的老板既负责公司事项的决策又负责员工的培训还负责业务的推广，等等。一人干百事，在小微企业中特别常见，特别是大学生自主创业型小微企业。人力资源管理的优化对一个考虑长远发展的公司来说至关重要，而大学生自主创业型小微企业正是缺乏这个优质，对于人力资源的751大模块还分的不是很清晰，员工对自己发放的工资有异议，却不知道问题出在哪里。领导可能也会出错，因为需要负责很多事，比如负责财务的还要负责绩效，财务人员也许本就不知道绩效主要考察哪些方面，这样错误肯定就容易出现。