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在目前，上海港口物流业仍停留在以增加港口货物吞吐量为目标的阶段，对后续货物在装卸配送完成后的配套服务体系未能完善地形成，再加上部分物流企业间违反市场规定进行无序化竞争，市场秩序被打乱，导致公平开放港口物流业市场无法形成，因而相关信息资源无法再内部进行及时交流反馈，缺乏公共资源平台，无法合理对资源进行配置，阻碍港口物流业发展。
3、 港口物流外部环境恶劣
现阶段，由于港口物流业在我国仍算新兴行业，故相关政府职能部门对行业及行业相关企业的扶持力度仍然不够，相应监督监管职能由于体制体系不成熟也未能及时对在物流供应链环节中出现的问题经过各部门间协调做出相应的相应措施，造成一定的混乱无序。如由市发改委、市经委、市外经委等十多个职能部门同时对物流进行管理，此做法不仅加大了管理难度，也无法到达优化资源配置，升级产业结构，易造成重复管理资源浪费及管理成本上升，监管效果仍无法突出的恶性循环，不利于港口物流业健康发展。
五、上海港口物流存在的问题
（一）软环境薄弱
所谓的软环境，是指相对应硬环境（硬条件）之外的所有各方外部因素条件，包括思想、文化、政策观念等所有因素。主要涉及：文化氛围、机制体系、政策法规、思想观念、政府的行政管理办事能力等，涵盖范围广。
本文中所提及的软环境，只对其中的几方面情况做出了分析研究。主要指的是港口物流软环境中的软实力（配套服务及物流服务）、政府行政管理能力、法律法规等几方面内容。
港口物流软环境的改善，能在一定程度上提高港口物流的效率，转变一些较滞后的传统港口物流观念及做法，以更好地迎合并适应现代港口物流发展的更高层次要求，有利于上海港口物流发展。
1、 港口物流软实力有待加强
港口物流软实力，值得是港口物流服务及港口物流配套服务。现代港口物流，对港口物流服务及其配套服务的要求已不再局限于旧有传统服务，以信息化、科技化服务为支撑、能提供专业化、高质量高效率、涉及面广泛的现代港口物流服务理念正越来越受欢迎，尤其是能为船主、货主提供完善规范港口物流服务及其相关配套服务的港口及港口物流企业，更加易获得青睐。从一定程度上说，一个港口物流服务及其相关配套服务的质量，可以从侧面体现出此港口的对外形象及反映该港口是否符合现代化港口物流水准要求，可提供该港口的港口物流竞争力及加深其影响力。上海港若欲在保持港口物流大港的基础上巩固成为港口物流强港，在改善港口物流服务及其配套服务进程中，任重而道远。
目前，上海港区港口物流企业绝大多数仍为国有垄断或国有控股企业，在管理服务理念上普遍遵循就有之后传统物流理念，虽相较于过去对港口服务意识有所增强，但仍显不足。因此，当货物运往港区后，绝大多数智能提供传统物流服务：例如对货物进行装卸、运输等，而后续配套服务及附加增值服务，如专业化分拣装配及专业化配套服务方案等仍无法提供，这种情况直接导致和港口物流配套服务相关机制未能得到成熟确立，相关产业未能得到充分发展，相关专业化提供解决方案企业无法建立，港口物流配套服务水平难以得到提高，最直观的结果是无法获得经济收益上更大幅度增长，在同类港口中比较优势不明显，上海港口物流业发展受制约。此外，和港口物流服务能有机相结合的数字化、信息化物流服务信息平台暂时无法完善建立，加上上海港口物流企业内部暂时性存在的无序混乱管理，将严重影响上海港港口物流专业有效率服务的质量。