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2、 政府行政管理体制未能成熟确立
现阶段，我港口物流企业在性质上还是以国有控股或国有垄断为主，因此，因政府行政管理能力较弱产生的问题逐渐暴露，不利于上海港口物流业的发展，大致可以归结为以下几类：
第一，港口物流相关体制政策的贯彻、实施及制定等可能缺乏专门的职责部门，即无专门职能部门能负责就各相关职能部门履行相关职责时进行监管、监督、协调和沟通，再加上对部门及地区分割的实行，各职能部门各司其职，管理范围、对象、模式及竞争方式等秩序混乱。
其二，政府无法向港口物流企业进行正确地引导。由于目前大多港口物流公司仍是在政府导向下运营的，但由于政府缺乏专业化管理，可能存在导向力度不够而使提供传统单一运输、装卸的港口货物运输企业向综合集约多服务化的港口物流企业转型失败，部分港口货物运输企业无法在政府的指引及大力扶持关注下认识到服务转型及企业转型失败对自身绩效增长及上海港口物流发展会产生重大影响的重要性；国有港口物流企业同时也会因缺少破产约束而致使由政府引导制定的经营鼓励机制无法完全发挥效果，改革动力也稍显不足，伴随而来的效率低下会使上海港口物流业在世界港口物流业中缺乏竞争力；由于现代港口物流对多式联运等运输方式提出更高层次的要求，但各种运输方式的运营者仍无法在此前提下由政府督导引领成立相关上海港口物流行业协会，就涉及到的物流供应链环节活动进行协调沟通，政府暂无法完全引导港口物流涉及到的各企业实现在良性竞争同发展，加强合作，提高上海港口物流效率。
第三，部分特殊产品（如本国自主研发享有专利的高附加值产品）在出口时货物运离上海港口时，由于目前尚未有明确体制及规定，该产品的生产加工技术可能未有明文规定的保密程序或处理方法，再加上政府部门对此的行政监管力度不够，易造成信息技术及知识产权的流失。
第四，港口物流行政管理体制和改革可能会存在不配套问题。以指泊权为例：指泊权值得是上海港港务局借用此指令来规定集装箱班轮具体停泊的港口。上海港港务局多次使用此做法，存在过度（滥用）职权的现象，使船舶及物流公司失去自主决定船舶靠岸码头权力，妨碍了市场公平有序竞争。究其原因，是港口物流行政管理体制不完善产生的隐患，寻租及腐败可能应运而生。
最后，政府引导下的国有垄断物流企业由于需要考虑多重因素，如就业、社会稳定等，在很大程度上后存在决策滞后，过度参与港口物流建设与发展使港口物流无法适应不断变化的港口物流环境。出于地方保护为目的，政府对引入跨国企业后可能导致的国有资产流失有所顾虑，跨国港口企业准入门槛普遍较高，加上一些原有获利集团利用其影响力迫使政府暂缓港口物流行政机制改革（如放低跨国公司准入门槛），导致跨国公司以在世界各地经营设立公司为支撑、有广大资源的规模经济效益优势无法合理体现，在一定程度上增加了管理成本，无法实现多元化港口物流综合管理，使由跨国公司先进技术及雄厚资金支持带来的高效港口物流运作效率无法再上海口岸得到充分利用，为上海港口岸融入全球港口物流市场加大了难度。
3、 相关法律法规有待完善
中国奉行以公有制为主体的市场经济，而市场经济的主要表现为法治经济，即有法可依，是对依法治国这一国策的坚定贯彻，同时也有利于文护港口物流市场在公平、公正、有效、有序发展，由此促进包括港口物流业及其相关产业的升级发展。