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（1）通关效率低。
传统贸易批量大，周期长，频率低，在通关方面比较容易，而跨境电子商务通常小批量，短时间的交易就会引起高频率的通关，这样通关效率就降低了。并且如今海关在处理邮递与退换的问题上处理的并不很完善，因此，如何提高通关效率是有待解决的问题。
（2）物流与电子支付问题
物流是联系买家与卖家的一根纽带，处于电子商务交易中的重要位置，尽管我国国内的物流已做到非常到位，但是国外的物流仍不是很理想，许多欧洲国家的物流仅仅依靠政府建立的国有邮政单位来进行货品运输，效率奇差，并且跨境物流成本非常高，虽然许多外国买手开始使用拼邮的方式来减少成本，但这又增加了物流的运输时间，对消费者来说依然不是十分方便。我国的电子支付业务依靠阿里巴巴的支付宝可以说在全球已无出其右，但是在跨境支付业务上依然存在一定的风险，因技术故障或人为破坏来盗取支付信息而产生的损失无可避免，因此在支付环节上需要更加精准的完善。
（3）退税问题
出口退时是传统外贸出口的一项重要制度，然而在跨境贸易电子商务中，由于是以快件为主，卖家无法提供报关单，所以大部分的卖家并不能享受到退税政策。
4、 跨境电子商务的意义
跨境电子商务具有非常重要的战略意义，作为推动经济一体化、贸易全球化的技术基础，跨境电子商务使得国家地区间的障碍缩小，让国际贸易有了进一步的发展，对企业来说，跨境电子商务的多边经贸合作模式更加的开放、多维、立体，不仅使企业之间实现了互利共赢，并且使消费者能够更加容易买到其他的国家的产品。
（三）跨境电子商务研究现状分析
对于跨境电子商务贸易的研究，是在近几年才兴盛起来的，尤其是2015年，可称为跨境电商元年。国内外有不少学者对跨境电商包括天猫国际作出了一些研究分析。国内外有不少学者对跨境电商包括天猫国际作出了一些研究分析。
Gesner G H（2015）对于跨境电商的物流模式提出了一些创新的意见，他认为跨境电子商务发展迅速，但跨境物流尚未适应其发展，二者无法实现协同发展。未来跨境电子商务物流发展，需要推动跨境电子商务与跨境物流的协同发展和跨境物流网络协同；采用多种跨境物流模式共用的方式，推动以第四方物流为代表的物流外包模式升级，实现跨境物流本地化运作，加强与本土物流公司合作等。E Gomez-Herrera（2014）等发现，地理距离相关的贸易成本的重要性确实是网上贸易大大减少，相比线下交易。另一方面，社会文化等变量的重要性语言增加和平衡距离成本下降。此外，其他交易在网上交易获得成本来源尤其突出，支付和包裹递送系统。Guo，Yan（2015）认为随着越来越多的中国消费者购买海外产品如奢侈品品牌AME化妆品、母婴产品、保健品的采购代理，现在蓬勃发展的跨境电子商务显示中国客户海外产品的强劲消费需求。论文网
在国内，来有为，王前开（2014）就对中国跨境电子商务发展形态、障碍性因素及其下一步作了深度研究。他们认为：发展跨境电子商务，不仅降低了国内中小企业进入跨境贸易的门槛，而且能够帮助我国企业降低跨境贸易成本，提升“中国制造”和“中国服务”的国际竞争力。当前我国发展跨境电子商务仍面临一些挑战。鄂立彬，黄永稳（2014）对比了跨境电子商务与传统贸易模式的差异,分析了我国发展跨境电子商务面临的机遇和挑战,并从政府和企业两个层面提出了发展跨境电子商务的政策建议。任志新，李婉香（2014）提出近年来,外贸形势不容乐观，首先，全球金融危机，欧洲债券危机影响日益扩大，国际需求不足，国际产业竞争愈发激烈，其次国内经济下滑，传统的外贸竞争力不足，土地劳动力成本上升。而跨境电子商务却在这种逆环境中不断增长，成为国内企业抢占国际市场的新航道。近年来，对于天猫国际，也有不少学者作出了自己的分析。张丽，郭娇（2015）对比了代购、海淘及国内网站三种不同的海外商品购买途径,并对使用海外直邮的国内天猫国际网站进行SWOT分析,为提升天猫国际海外直邮模式竞争力提供思路。刘鹏（2015）天猫国际基于阿里巴巴的全球化战略，对于跨境进口电商的观点，主张中国的经济应从出口向进口转型，用进口带动出口。近年来，如火如荼的跨境电商交易模式在国内展开，国内消费者正掀起一股海淘热。今年2月天猫国际平台正式上线，先后有两家企业与天猫签订合作合同，分别是郑州综合保税区及杭州跨境电商产业园。不久天猫国际又与宁波保税区合作，6个试点城市已有3个签约天猫国际。随着阿里巴巴的上市，天猫国际作为跨境经营电商典型代表具有进一步挖掘的需要，张星（2015）在 对天猫国际跨境经营的研究的基础之上，整合其优势，分析其不足，以其对天猫国际跨境经营的运营做出些许贡献。 2014年的＂双11＂,国内各大电商打起了跨境进口大战,以天猫国际、京东海外购、亚马逊等的大型电商,陆续宣布各种服务和活动。跨境进口对广大喜欢网上购物的消费者而言并不陌生,早在几年前,各大电商平台就出现了以＂代购＂、＂海淘＂为名的各种商品。而就在2014年,各大电商都似乎瞄准了这块大蛋糕,准备将＂代购＂、＂海淘＂业务规模化。陈堰（2015）曾通过对我国跨境进口零售电商的发展现状进行分析,进而对亚马逊、天猫国际和洋码头各自特点进行分析。朱晓培（2016）认为“跨境电商的2015年是赤裸裸的竞争。”洋码头CEO曾碧波说。天猫“双十一”将全球化作为重点策略，标志着国内的跨境电商全而爆发。创业型企业面对天猫国际平台巨大的流量和资源投入．几乎是无法承受的。不过，去年“双十一”的“顺利”度过。表明行业还未出现巨无霸。跨境电商的全球供应链十分重要，对于阿里的全球供应链，张翔（2015）提出，天猫国际与Emart、Costco、Lottemart、Countdown、大润发、等全球九大超市集团达成独家战略合作，将借助阿里巴巴集团整个零售平台体系包括天猫、聚划算、淘宝等帮助天猫国际的进口跨境平台启动。张寒秋（2014）提出2010年以来中国海淘市场每年规模增速都超过100%以上。2012年支付宝公布的统计数据显示,中国海淘消费规模同比增长117%,这一数字远远高于国内网购市场。而根据中国电子商务研究中心的监测数据显示,海淘市场规模已超过700亿元人民币。"阿里收集的海淘数据已超过1200亿规模,很快就是数千亿量。