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蓝头濑鱼高表达基因 bluehead wrasse differentially expressed gene B-DIG FDR≤10-2 和 log2 (B_FPKM/N_FPKM)≥1 B and N
尼罗罗非鱼高表达基因 nilo tilapia differentially expressed gene N-DIG FDR≤10-2 和 log2 (B_FPKM/N_FPKM)≤-1 B and N
无差异共表达基因 co-expressed gene COG FDR >10-2 或 -1<log2 (B_FPKM/N_FPKM)<1 B and N
1.4差异表达分析
使用R v3.1.0 [23] 中的DESeq v1.20.0 [24]软件包进行样品组间的差异表达分析，获得两个转录组的差异表达基因集。在差异表达基因检测过程中，将差异倍数（Fold Change）≥2且错误发现率（False Discovery Rate, FDR）<0.01作为筛选标准[25,26,27]。差异倍数表示两转录组样本间表达量的比值[12,16]。错误发现率是通过对差异显著性p值（p-value）进行校正得到。
1.5差异表达基因功能注释
使用BLAST[28]软件将差异表达基因与GO, COG, KEGG, NR, KOG数据库进行序列比对，获得每个差异表达基因的GO 注释和KEGG通路注释信息。
2结果
2.1转录组过滤及比对
8个转录组Raw data经过质量控制，共得到179,273,967条Clean reads，各样品Q30碱基百分比均不小于89.73%。比对到参考基因组的蓝头濑鱼性腺转录组Reads有288,903条，比对效率在0.18%~0.21%之间。比对到参考基因组的尼罗罗非鱼各性腺转录组Reads有181,038,841条，比对效率在82.95%~90.37%之间（见表2）。
表2 性腺转录组数据质量控制和比对情况 Table2 Transcriptome of gonad data QC and mapped