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枯草芽孢杆菌经过发酵能产生极为丰富的酶种类，和数量。研究文献表明，枯草芽孢杆菌能够产生α~淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、β~葡萄糖酶、植酸酶、木聚糖酶[2]等十几种酶。据不完全统计，在工业生产中，枯草芽孢杆菌能产出的酶占整个酶市场的50%，是在工业上广泛使用的菌种之一。
（3)枯草芽孢杆菌在植物防害中的应用
化学农药虽然可以在植物防治中对农业生产产生了十分重要的作用，可是对大气、土壤、水质、动物以及人体健康都造成了极大的危害。枯草芽孢杆菌通过定殖至植物根际、体表或体内，同病原菌抢夺植物周围的营养成分、分泌抗菌物质抑制病原菌的生长，同时诱导植物防御系统抵御病原菌入侵从而达到防治[4]。我国使用枯草芽孢杆菌防治植物病害的应用研究也打到了世界先进水平[5]。现已开发成功并投入生产的商品制剂有亚宝、百抗、麦丰宁等[6]。
（4)枯草芽孢杆菌在医药卫生领域中的应用
用枯草芽孢杆菌胶囊治疗新生儿高胆红素血症可以迅速降低血清红素水平，缩短了治疗周期，让病患远离了痛苦。