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焦竑研究心性之学，心学强调学者的自我反省，发展到明代中后期，心学发展到巅峰，走入了死胡同，兴起了空疏不实的学风，出现了不阅读书本，不求实证，只凭心智的情况。考据学却相反，它必须要多读书，多研究，强调严谨。从表面上，这两者完全处于对立状态，其实不然，从另外一个角度观察，可以说心学和考据学的发展，都是对宋代以来以程朱理学为官方哲学的一种反动，从哲学方面是强调主体意识、追求人性解放，从学术方面，则强调求真务实的作风。焦竑也认为阅读书本，增广知识正是为了明心见性，知识越多对研究心性之学更有帮助，这些都是焦竑对阳明心学的发展。
焦竑在考据学方面的论著主要是《俗书刊误》、《焦氏笔乘》、《焦氏笔乘续集》等。焦竑的考据工作主要是四个方面：一、对古书的作者、文字进行辨伪、校勘；二、考订古今人物史事；三、考订诗文中用典；四、文字、声韵、训诂的考订。[10]
《俗书刊误》篇幅较少，由于当时商品经济的发展，市民阶级不断壮大，人们的思想观念有很大的变化，通俗文学有了进一步的发展，市井俗语无论是在书面还是口头上，使用的频率也越来越多，但是俗语使用随便，导致社会文字混乱，为了使学者学经方便、复兴古学，焦竑写了《俗书刊误》。《俗书刊误》一共12篇，字数不到两万，从字的本义、人地之名、骈字等复音词的读音、奇文异字等方面，举出例子，详细的论证，成为学经者的工具书。
从焦竑编写《俗书刊误》中，表明了焦竑反对当时学风空疏，不阅读古书，空谈心性的风气，倡导经世致用，看重实学的态度。焦竑另外一部重要的著作是《焦氏笔乘》，主要是《焦氏笔乘》正集751卷，续集八卷，此书是焦竑的学术札记，主要记载了焦竑有关考据学方面的成就，有对文字字音、字义、字形的考辩和对古代典籍用字、典故的考辩，除此之外，还包括了佛、道、医等方面的内容，内容十分广泛，是研究焦竑的考据学成就和哲学思想的重要文献。
焦竑在研究考据学时，非常推崇杨慎。所以焦竑在很多方面与杨慎有相同之处。从考据思想上看，二者都是批判空疏学风，反对当时束书不观的风气。并且二者都强调通晓小学的重要性，杨慎指出阅读“一代书”就需要通晓“一代语”，阅读“一方书”就需要通晓“一方语”[11]焦竑对此也有相同认识,，认为如果不通晓文字，而想要阅读古书，是非常困难的。[12]从考据内容上看，二者都考据内容广博，涉及文字、音韵、天文、地理等，考订经书、史事。从考据方法上看，二者使用的考据方法多样，能够运用自己卓越的判断能力，给一些缺少证据的材料，给出合乎逻辑的判断；也能旁征博引，以各种书籍和档案材料为证明依据，从书本中发现问题。
虽然两者关于考据学方面的认识很相似，但是焦竑在继承杨慎的基础上，又有进一步的发展。在学术手段上，杨慎善于利用方志、金石、书画为自己的考证提供充足的证据，但是焦竑在方志、金石的运用上比杨慎更胜一筹。例如从方志的运用上看，《焦氏笔乘》卷一《左担》条 ，杜甫《愁坐》诗云：“葭萌氐种迥,左担犬戎屯。”一句中“左担”一词，前人注释大多不详，焦竑从《华阳国志》中找到左担出处，引证《华阳国志》中的《汉中志》和《南中志》内容，说明左担真正含义。焦竑能利用《华阳国志》考证，说明他善于利用方志材料。除此之外，焦竑在古音学方面的贡献也是不可小觑的，他的“叶音说”比杨慎的观点更加成熟。《焦氏笔乘》中的著名文章《古诗无叶音》充分表达了焦竑在古音学方面的思想，他首先指出“诗有古韵今韵”[13]，既批判了杨慎的以今音释古韵说，又批判了以朱熹为代表的“叶音说”[14]，对之后陈第的研究起到很大的影响。在运用金石方面，他曾利用北魏的石刻，来证明五代吴越王国曾经建号改元；还引用杜常诗的碑刻，来证明杜氏是宋代人而不是唐代人。并且由于焦竑本人精于佛学，熟悉佛典，所以在考证中有时也会运用佛经中的内容来做比较。例如《焦氏笔乘》中《佛典解<易>》条，他注意到佛书中所记载的作为儒家经典的《洛书》，里面的文字与社会上所流传的《洛书》中的文字不同，焦竑通过两本书文字的对校，指出其不同的地方，十分厉害。