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明朝前期，主持治河的徐有贞等官员都坚持“北筑堤，南分流”，以为这样可以使河势变弱，保持流水的通畅，从而不易溃决，但是黄河不仅水患问题严重，它还具有多泥沙的弊端，泥沙堵塞河道才是根本问题，分流使得流速减慢，泥沙沉积，河床抬高速度加快，将会导致更严重的水灾。潘季驯虽然主张合流，但是，为了防御特大洪水，他也坚持有计划有方法地进行分洪。在潘季驯主持治河的工作中，他坚持筑近堤束水攻沙，筑遥堤以防洪水泛滥，在险要地段加月堤防固，在近堤与遥堤间修建挡水的格堤，使得泥沙与两堤间沉积，清水返回大河中。
（二）堤防每岁加固制度
明代治水专家潘季驯说过：“徐、邳一带每岁决河之由河流冲射居十之四，而居民盗决居十之六”[7]P249。居民盗决主要是为了贪水利，躲避水患，从而人为的破坏堤防，也有当地居民买通河官，暗自取水灌溉。另外，也有船商为了躲避税收盗决河堤，当洪水发生就会带来严重的后果，《河防一览》中记载：“俱属荒僻，人不及见,而盐徒私贩、奸商漏税利高堰之直达扬州，每行盗决”[7]P250。对于这种行为，首先潘季驯要求朝廷对决河者严加打击，。同时，为了保持堤防的稳固性，潘季驯建立了堤防每岁加固制度。《申明修守事宜疏》中记载：“自（万历）十八年为始，每岁......加高五寸，不许夹杂浮沙。苟且塞责”[7]P250。堤防坚固才能使洪水发生时危害最小化，也能减少水量外泄，保证通航。这样以来，同时弥补了自然与人为的堤防的损坏，每岁加固制度是堤防安全的基本保证之一。
（三）月河的开凿
提及月河必说月堤，依缕堤或者遥堤进占或退后的月牙形堤防，退后的为月堤，近占的则为越堤，而在湖堤与河堤间宛如月牙的河道即为月河，一般月河都在险要的河道地段开凿，月河使得漕与河分离，船行于河中，分泄暴洪，保证了漕船的安全通行。
明前期就在一些关键地段修加了月河，宝应的弘济月河，淮安的永济月河等，明代治水官员对月河进行了充分的利用。1494年，黄河在张秋决口，刘大夏赶赴治水，于决口西南方向开月河三百里，再于上游进行疏浚河道的工作，使得水势流向徐州方向，分泄水势的同时，也保证了漕运的正常通行。
明代万历十六年，总督河漕史潘季驯在原来湖堤作为东堤，将宝应南门外至黄浦筑西堤总共二十里截湖为河，北面接通济河（位于淮安），宝应月河形成，河湖分开，此后运道不经白马湖。
万历二十八年，总督刘东星命郎中顾云凤、扬州知府杨洵，督促民夫挑邵伯月河，总共长十八里。又开界首月河，总共长千八百余丈，运道因此离开界首湖。之后扬州湖漕全部河中行走，为后宝应至邵伯运河奠定了的基础。
黄河夺泗、淮后，徐州以南运道遂为险要地段，即徐吕、二洪，此处巨石森列，非常危险，在凿礁石、浚水道、置堰闸的同时加修月河，一定程度上避开了巨石的危险。但二洪夏季水量充沛，但春秋水量不足，由于当时技术条件所限，航行艰险始终未有较大改观。
月河的开凿实际上是对双重堤防的运用，于缕堤内建月堤，分泄水势的同时，也避免了河水对堤跟的冲刷。月河加上闸坝的协调工作，更加凸显了治水专家们的聪明才智，运道水势猛则行于河中，设闸调节，水量小则仍有河中水补给，既能分泄水势防洪，又能蓄水待用，保证行船畅通。
三、借黄济运与河道的管理
（一）河道管理体制的完善
明代建立起了一套相对完备的管理制度，最终形成了由总理河道衙门、工部都水分司郎中、主事及巡河御史等机构和官员组成的系统。正德四年(1509年)才开始设定都御史总理河道事务，自此总督河道衙门成为最高的管理机构，总河即总督河道为长官。万历时河道总督曾两次与漕运总督合并，但最终因为对运河管理机构产生不利影响被分开。运河自身的长度使得总督河道心有余而力不足。成化以前运河官员多由其他衙门官员充当，没有真正的固定机构。